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データマイニングによる転写因子の結合配列環境と発現応答の関連性の解析
プロモーター配列から発現変動遺伝子を予測

Vol.58 No.5 Page. 267 - 268 (published date : 2020年5月1日)
兒島 孝明1, 岡 大椰1, 中野 秀雄1
  1. 名古屋大学大学院生命農学研究科
vol58_5

 

概要原稿

転写因子は細胞内の遺伝子の発現制御に深く関与しており，その機能を解析することは生命現象を理解するうえで非常に重要である．本稿では，糸状菌由来の転写因子の結合部位周辺のDNAの配列構造が，下流に位置する遺伝子の発現にどのような影響を及ぼすかを網羅的に解析するアプローチを紹介する．

リファレンス

  1. 1) I. Dror, T. Golan, C. Levy, R. Rohs & Y. Mandel-Gutfreund: Genome Res., 25, 1268 (2015).
  2. 2) T. Kojima, E. Kunitake, K. Ihara, T. Kobayashi & H. Nakano: PLOS ONE, 11, e0159011 (2016).
  3. 3) H. Oka, T. Kojima, K. Ihara, T. Kobayashi & H. Nakano: BMC Genomics, 20, 16 (2019).
  4. 4) Y. Noguchi, M. Sano, K. Kanamaru, T. Ko, M. Takeuchi, M. Kato & T. Kobayashi: Appl. Microbiol. Biotechnol., 85, 141 (2009).
  5. 5) T. Zhou, L. Yang, Y. Lu, I. Dror, A. C. Dantas Machado, T. Ghane, R. Di Felice & R. Rohs: Nucleic Acids Res., 41, W56 (2013).
  6. 6) T. Zhou, N. Shen, L. Yang, N. Abe, J. Horton, R. S. Mann, H. J. Bussemaker, R. Gordan & R. Rohs: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 112, 4654 (2015).
  7. 7) J. Li, J. M. Sagendorf, T. P. Chiu, M. Pasi, A. Perez & R. Rohs: Nucleic Acids Res., 45, 12877 (2017).
  8. 8) C. Wang, Y. Lv, B. Wang, C. Yin, Y. Lin & L. Pan: Nucleic Acids Res., 43, 4429 (2015).


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