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バイオインフォマティクスによる微生物群集解析の新展開
微生物生態系の理解に向けて

Vol.60 No.2 Page. 52 - 54 (published date : 2022年2月1日)
石谷 孔司1, 油谷 幸代2
  1. 産業技術総合研究所生命工学領域生物プロセス研究部門
  2. 産業技術総合研究所生命工学領域生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ
vol60_2

 

概要原稿

自然環境に存在する微生物は多種で構成される群集構造をとることで生態系を維持しているが，互いの関係性や役割はほとんど分かっていない．本稿では，メタゲノミクスを中心に微生物群集に対するバイオインフォマティクス技術を概観する．

リファレンス

  1. 1) J. Handelsman, M. R. Rondon, S. F. Brady, J. Clardy & R. M. Goodman: Chem. Biol., 5, R245 (1998).
  2. 2) P. D. Schloss, S. L. Westcott, T. Ryabin, J. R. Hall, M. Hartmann, E. B. Hollister, R. A. Lesniewski, B. B. Oakley, D. H. Parks, C. J. Robinson et al.: Appl. Environ. Microbiol., 75, 7537 (2009).
  3. 3) E. Bolyen, J. R. Rideout, M. R. Dillon, N. A. Bokulich, C. C. Abnet, G. A. Al-Ghalith, H. Alexander, E. J. Alm, M. Arumugam, F. Asnicar et al.: Nat. Biotechnol., 37, 852 (2019).
  4. 4) D. H. Parks, C. Rinke, M. Chuvochina, P.-A. Chaumeil, B. J. Woodcroft, P. N. Evans, P. Hugenholtz & G. W. Tyson: Nat. Microbiol., 2, 1533 (2017).
  5. 5) G. M. Douglas, V. J. Maffei, J. R. Zaneveld, S. N. Yurgel, J. R. Brown, C. M. Taylor, C. Huttenhower & M. G. I. Langille: Nat. Biotechnol., 38, 685 (2020).
  6. 6) J. T. Morton, C. Marotz, A. Washburne, J. Silverman, L. S. Zaramela, A. Edlund, K. Zengler & R. Knight: Nat. Commun., 10, 2719 (2019).
  7. 7) K. Ishiya & S. Aburatani: Appl. Sci. (Basel), 9, 1355 (2019).
  8. 8) K. Ishiya & S. Aburatani: Phys. Biol.; Advance online (2021), in press.
  9. 9) F. Karoline & J. Raes: Nat. Rev. Microbiol., 10, 538 (2012).


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