解説

分子ネットワーク解析による新規天然分子の発見
タンデム質量分析インフォマティクスを基盤とした化合物探索アプローチ

Vol.61 No.1 Page. 32 - 39 (published date : 2023年1月1日)
各務 裕也1, 光永 徹2
  1. 岐阜大学大学院連合農学研究科
  2. 岐阜大学応用生物科学部
vol61_1

 

概要原稿

天然物化学において，バイオインフォマティクスは今や合理的な新規化合物探索に不可欠な手法となりつつある．本稿ではタンデム質量分析を基盤とした分子ネットワーク解析による新規化合物や生物間相互作用鍵物質の発見について紹介する．

リファレンス

  1. 1) M. Wang, J. J. Carver, V. V. Phelan, L. M. Sanchez, N. Garg, Y. Peng, D. D. Nguyen, J. Watrous, C. A. Kapono, T. Luzzatto-Knaan et al.: Nat. Biotechnol., 34, 828 (2016).
  2. 2) A. T. Aron, E. C. Gentry, K. L. McPhail, L.-F. Nothias, M. Nothias-Esposito, A. Bouslimani, D. Petras, J. M. Gauglitz, N. Sikora, F. Vargas et al.: Nat. Protoc., 15, 1954 (2020).
  3. 3) L.-F. Nothias, D. Petras, R. Schmid, K. Duhrkop, J. Rainer, A. Sarvepalli, I. Protsyuk, M. Ernst, H. Tsugawa, M. Fleischauer et al.: Nat. Methods, 17, 905 (2020).
  4. 4) J. J. J. van der Hooft, J. Wandy, M. P. Barrett, K. E. V. Burgess & S. Rogers: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 113, 13738 (2016).
  5. 5) R. R. da Silva, M. Wang, L.-F. Nothias, J. J. J. van der Hooft, A. M. Caraballo-Rodriguez, E. Fox, M. J. Balunas, J. L. Klassen, N. P. Lopes & P. C. Dorrestein: PLOS Comput. Biol., 14, e1006089 (2018).
  6. 6) R. Schmid, D. Petras, L.-F. Nothias, M. Wang, A. T. Aron, A. Jagels, H. Tsugawa, J. Rainer, M. Garcia-Aloy, K. Duhrkop et al.: Nat. Commun., 12, 3832 (2021).
  7. 7) Y. Kakumu, T. M. T. Nguyen & T. Mitsunaga: Phytochemistry, 202, 113322 (2022).
  8. 8) Q. Yao, Y. Gao, C. Lai, C. Wu, C.-L. Zhao, J.-J. Wu & D.-X. Tang: J. Ethnopharmacol., 251, 112546 (2020).
  9. 9) B. W. Lee, T. K. Q. Ha, E. J. Park, H. M. Cho, B. Ryu, T. P. Doan, H. J. Lee & W. K. Oh: J. Org. Chem., 86, 1437 (2021).
  10. 10) B.-W. Lee, J.-G. Park, T. K. Q. Ha, H. T. T. Pham, J.-P. An, J.-R. Noh, C.-H. Lee & W. K. Oh: J. Nat. Prod., 82, 2201 (2019).
  11. 11) M. Crusemann, E. C. O'Neill, C. B. Larson, A. V. Melnik, D. J. Floros, R. R. da Silva, P. R. Jensen, P. C. Dorrestein & B. S. Moore: J. Nat. Prod., 80, 588 (2017).
  12. 12) F. Olivon, P.-M. Allard, A. Koval, D. Righi, G. Genta-Jouve, J. Neyts, C. Apel, C. Pannecouque, L.-F. Nothias, X. Cachet et al.: ACS Chem. Biol., 12, 2644 (2017).
  13. 13) 平山裕一郎，渡辺賢二：化学と生物，60, 123 (2022).
  14. 14) C. W. Johnston, M. A. Skinnider, M. A. Wyatt, X. Li, M. R. M. Ranieri, L. Yang, D. L. Zechel, B. Ma & N. A. Magarvey: Nat. Commun., 6, 8421 (2015).
  15. 15) B. E. Hetzler, D. Trauner & A. L. Lawrence: Nat. Rev. Chem., 6, 170 (2022).
  16. 16) N. Bonneau, G. Chen, D. Lachkar, A. Boufridi, J.-F. Gallard, P. Retailleau, S. Petek, C. Debitus, L. Evanno, M. A. Beniddir et al.: Chem.-Eur. J., 23, 14454 (2017).
  17. 17) L. Evanno, D. Lachkar, A. Lamali, A. Boufridi, B. Seon-Meniel, F. Tintillier, D. Saulnier, S. Denis, G. Genta-Jouve, J.-C. Jullian et al.: Eur. J. Org. Chem., 2018, 2486 (2018).
  18. 18) J. M. Raaijmakers, I. D. Bruijin, O. Nybroe & M. Ongena: FEMS Microbiol. Rev., 34, 1037 (2010).
  19. 19) M. Vallet, Q. P. Vanbellingen, T. Fu, J.-P. Le Caer, S. Della-Negra, D. Touboul, K. R. Duncan, B. Nay, A. Brunelle & S. Prado: J. Nat. Prod., 80, 2863 (2017).
  20. 20) T. Luzzatto-Knaan, A. V. Melnik & P. C. Dorrestein: ACS Chem. Biol., 14, 459 (2019).
  21. 21) H.-F. Xie, Y.-S. Kong, R.-Z. Li, L.-F. Nothias, A. V. Melnik, H. Zhang, L.-L. Liu, T.-T. An, R. Liu, Z. Yang et al.: J. Agric. Food Chem., 68, 7995 (2020).
  22. 22) M. Takaki, V. F. Freire, K. J. Nicacio, A. F. Bertonha, N. Nagashima, R. Sarpong, V. Padula, A. G. Ferreira & R. G. S. Berlinck: J. Nat. Prod., 84, 790 (2021).


本文はトップページからログインをして頂くと表示されます。