解説

プラスミド学の学術基盤の再整備にむけて
日本発プラスミドの網羅的データベースの整備

Vol.62 No.10 Page. 473 - 479 (published date : 2024年10月1日)
新谷 政己1
  1. 静岡大学工学部化学バイオ工学科
vol62_10

 

概要原稿

プラスミドの伝播は微生物の進化に寄与するとともに，多剤耐性菌の出現も促す．技術革新により多数のプラスミド配列が登録されているが，情報が不統一で混乱を招いている．本稿では情報整備と「プラスミド学」再整備の必要性を述べる．

リファレンス

  1. 1) R. P. Novick: Microbiol. Rev., 51, 381 (1987).
  2. 2) M. Shintani & H. Suzuki: Plasmids and Their Hosts. In: H. Nishida, T. Oshima, (eds.) “DNA Traffic in the Environment”. Springer, Singapore, 2019.
  3. 3) A. Bertini, L. Poirel, P. D. Mugnier, L. Villa, P. Nordmann & A. Carattoli: Antimicrob. Agents Chemother., 54, 4168 (2010).
  4. 4) S. Castro-Jaimes, G. Guerrero, E. Bello-Lopez & M. A. Cevallos: Plasmid, 119-120, 102616 (2022).
  5. 5) C. Chen, P.-Y. Huang, C.-Y. Cui, Q. He, J. Sun, Y.-H. Liu & J.-L. Huang: Front. Microbiol., 13, 974432 (2022).
  6. 6) Y. Li, Y. Qiu, C. Fang, X. Dai & L. Zhang: Antimicrob. Agents Chemother., 66, e0020622 (2022).
  7. 7) A. D. Salgado-Camargo, S. Castro-Jaimes, R.-M. Gutierrez-Rios, L. F. Lozano, L. Altamirano-Pacheco, J. Silva-Sanchez, A. Perez-Oseguera, P. Volkow, S. Castillo-Ramirez & M. A. Cevallos: Front. Microbiol., 11, 1283 (2020).
  8. 8) J. Robertson & J. H. E. Nash: Microb. Genom., 4, e000206 (2018).
  9. 9) P.-E. Douarre, L. Mallet, N. Radomski, A. Felten & M.-Y. Mistou: Front. Microbiol., 11, 483 (2020).
  10. 10) M. P. Garcillan-Barcia, M. V. Francia & F. de la Cruz: FEMS Microbiol. Rev., 33, 657 (2009).
  11. 11) C. Smillie, M. P. Garcillan-Barcia, M. V. Francia, E. P. Rocha & F. de la Cruz: Microbiol. Mol. Biol. Rev., 74, 434 (2010).
  12. 12) S. Redondo-Salvo, R. Bartomeus-Penalver, L. Vielva, K. A. Tagg, H. E. Webb, R. Fernandez-Lnpez & F. de la Cruz: BMC Bioinformatics, 22, 390 (2021).
  13. 13) R. Cuartas, T. M. Coque, F. de la Cruz & M. P. Garcillan-Barcia: Methods Mol. Biol., 2392, 127 (2022).
  14. 14) M. P. Garcillan-Barcia, S. Redondo-Salvo & F. de la Cruz: Plasmid, 126, 102684 (2023).
  15. 15) M. Tokuda & M. Shintani: Microb. Biotechnol., 17, e14408 (2024).
  16. 16) A. Carattoli, E. Zankari, A. Garcia-Fernandez, M. Voldby Larsen, O. Lund, L. Villa, F. Moller Aarestrup & H. Hasman: Antimicrob. Agents Chemother., 58, 3895 (2014).
  17. 17) A. Carattoli & H. Hasman: Methods Mol. Biol., 2075, 285 (2020).
  18. 18) L. E. Bryan, S. D. Semaka, H. M. Van den Elzen, J. E. Kinnear & R. L. Whitehouse: Antimicrob. Agents Chemother., 3, 625 (1973).
  19. 19) G. A. Jacoby, L. Sutton, L. Knobel & P. Mammen: Antimicrob. Agents Chemother., 24, 168 (1983).
  20. 20) Y. Sawada, S. Yaginuma, M. Tai, S. Iyobe & S. Mitsuhashi: Antimicrob. Agents Chemother., 9, 55 (1976).
  21. 21) J. Xiong, D. C. Alexander, J. H. Ma, M. Deraspe, D. E. Low, F. B. Jamieson & P. H. Roy: Antimicrob. Agents Chemother., 57, 3775 (2013).
  22. 22) V. Galata, T. Fehlmann, C. Backes & A. Keller: Nucleic Acids Res., 47(D1), D195 (2019).
  23. 23) G. P. Schmartz, A. Hartung, P. Hirsch, F. Kern, T. Fehlmann, R. Muller & A. Keller: Nucleic Acids Res., 50(D1), D273 (2022).
  24. 24) X. Jiang, Z. Yin, M. Yuan, Q. Cheng, L. Hu, Y. Xu, W. Yang, H. Yang, Y. Zhao, X. Zhao et al.: J. Antimicrob. Chemother., 75, 3534 (2020).
  25. 25) M. Shintani, H. Suzuki, H. Nojiri & M. Suzuki: J. Antimicrob. Chemother., 77, 1202 (2022).
  26. 26) H.-Y. Lo, P. Martinez-Lavanchy, T. Goris, J. Heider, M. Boll, A.-K. Kaster & J. A. Muller: Environ. Microbiol., 24, 6411 (2022).
  27. 27) M. M. Yakimov, F. Crisafi, E. Messina, F. Smedile, A. Lopatina, R. Denaro, D. H. Pieper, P. N. Golyshin & L. Giuliano: Environ. Microbiol. Rep., 8, 508 (2016).
  28. 28) W. Pansegrau, E. Lanka, P. T. Barth, D. H. Figurski, D. G. Guiney, D. Haas, D. R. Helinski, H. Schwab, V. A. Stanisich & C. M. Thomas: J. Mol. Biol., 239, 623 (1994).
  29. 29) M. Shintani, H. Suzuki, H. Nojiri & M. Suzuki: Environ. Microbiol., 25, 1071 (2023).
  30. 30) R. A. Bonnin, P. Bogaerts, D. Girlich, T.-D. Huang, L. Dortet, Y. Glupczynski & T. Naas: Antimicrob. Agents Chemother., 62, e02496 (2018).
  31. 31) L. Ingram, R. B. Sykes, J. Grinsted, J. R. Saunders & M. H. Richmond: J. Gen. Microbiol., 72, 269 (1972).
  32. 32) A. A. Medeiros, M. Cohenford & G. A. Jacoby: Antimicrob. Agents Chemother., 27, 715 (1985).
  33. 33) H. Sagai, K. Hasuda, S. Iyobe, L. E. Bryan, B. W. Holloway & S. Mitsuhashi: Antimicrob. Agents Chemother., 10, 573 (1976).
  34. 34) M. Hayakawa, M. Tokuda, K. Kaneko, K. Nakamichi, Y. Yamamoto, T. Kamijo, H. Umeki, R. Chiba, R. Yamada, M. Mori et al.: Appl. Environ. Microbiol., 88, e0111422 (2022).
  35. 35) J. B. Andersen, C. Sternberg, L. K. Poulsen, S. P. Bjorn, M. Givskov & S. Molin: Appl. Environ. Microbiol., 64, 2240 (1998).
  36. 36) M. Shintani, K. Matsui, J. Inoue, A. Hosoyama, S. Ohji, A. Yamazoe, H. Nojiri, K. Kimbara & M. Ohkuma: Appl. Environ. Microbiol., 80, 138 (2014).
  37. 37) M. Tokuda, H. Suzuki, K. Yanagiya, M. Yuki, K. Inoue, M. Ohkuma, K. Kimbara & M. Shintani: Front. Microbiol., 11, 1187 (2020).
  38. 38) M. Tokuda, M. Yuki, M. Ohkuma, K. Kimbara, H. Suzuki & M. Shintani: Microb. Genom., 9, mgen001043 (2023).


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