解説

実験進化から迫る遺伝子誕生の初期プロセス
De novo転写の発見とプロモーターの起源

Vol.63 No.6 Page. 274 - 280 (published date : 2025年6月1日)
畑 貴之1, 川口 晃平2, 佐藤 壮一郎3, 松尾 充啓4, 小保方 潤一4
  1. 弘前大学大学院医学研究科
  2. 東京科学大学生命理工学院
  3. 京都府立大学大学院生命環境科学研究科
  4. 摂南大学農学部
vol63_6

 

概要原稿

De novo転写とは筆者らの発見した新しいタイプの転写様式であり，タンパク質のコード配列自体がその上流近傍からの転写を誘導する．De novo転写と遺伝子の新生やゲノム進化との関係について概説する．

リファレンス

  1. 1) T. Hata, S. Satoh, N. Takada, M. Matsuo & J. Obokata: Mol. Biol. Evol., 38, 2791 (2021).
  2. 2) T. Hata, N. Takada, C. Hayakawa, M. Kazama, T. Uchikoba, M. Tachikawa, M. Matsuo, S. Satoh & J. Obokata: PLoS One, 16, e0252674 (2021).
  3. 3) H. Kudo, M. Matsuo, S. Satoh, T. Hata, R. Hachisu, M. Nakamura, Y. Y. Yamamoto, H. Kimura, M. Matsui & J. Obokata: Plant J., 108, 29 (2021).
  4. 4) H. Kaessmann: Genome Res., 20, 1313 (2010).
  5. 5) M. Cardoso-Moreira & M. Long: Methods Mol. Biol., 856, 161 (2012).
  6. 6) D. J. Begun, H. A. Lindfors, M. E. Thompson & A. K. Holloway: Genetics, 172, 1675 (2006).
  7. 7) A. R. Carvunis, T. Rolland, I. Wapinski, M. A. Calderwood, M. A. Yildirim, N. Simonis, B. Charloteaux, C. A. Hidalgo, J. Barbette, B. Santhanam et al.: Nature, 487, 370 (2012).
  8. 8) D. N. Murphy & A. McLysaght: PLoS One, 7, e48650 (2012).
  9. 9) W. Xiao, H. Liu, Y. Li, X. Li, C. Xu, M. Long & S. Wang: PLoS One, 4, e4603 (2009).
  10. 10) E. Durand, I. Gagnon-Arsenault, J. Hallin, I. Hatin, A. K. Dube, L. Nielly-Thibault, O. Namy & C. R. Landry: Genome Res., 29, 932 (2019).
  11. 11) P. S. Springer: Plant Cell, 12, 1007 (2000).
  12. 12) P. R. Fobert, H. Labbe, J. Cosmopoulos, S. Gottlob-McHugh, T. Ouellet, J. Hattori, G. Sunohara, V. N. Iyer & B. L. Miki: Plant J., 6, 567 (1994).
  13. 13) B. Stangeland, R. Nestestog, P. E. Grini, N. Skrbo, A. Berg, Z. Salehian, A. Mandal & R. B. Aalen: J. Exp. Bot., 56, 2495 (2005).
  14. 14) Y. Y. Yamamoto, Y. Tsuhara, K. Gohda, K. Suzuki & M. Matsui: Plant J., 35, 273 (2003).
  15. 15) S. Satoh, T. Hata, N. Takada, M. Tachikawa, M. Matsuo, S. Kushnir & J. Obokata: bioRxiv, 2020.11.28.401992 (2020).
  16. 16) T. Hata, K. Mukae, S. Satoh, M. Matsuo & J. Obokata: Plant Biotechnol. (Tokyo), 38, 179 (2021).
  17. 17) L. Zhang, Y. Ren, T. Yang, G. Li, J. Chen, A. R. Gschwend, Y. Yu, G. Hou, J. Zi, R. Zhou et al.: Nat. Ecol. Evol., 3, 679 (2019).
  18. 18) A. McLysaght & L. D. Hurst: Nat. Rev. Genet., 17, 567 (2016).
  19. 19) J. F. Schmitz & E. Bornberg-Bauer: F1000 Res., 6, 57 (2017).
  20. 20) R. Andersson, A. Sandelin & C. G. Danko: Trends Genet., 31, 426 (2015).
  21. 21) V. Haberle & A. Stark: Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 19, 621 (2018).
  22. 22) K. Kawaguchi, M. Kazama, T. Hata, M. Matsuo, J. Obokata & S. Satoh: Plant Cell Physiol., 65, 142 (2024).
  23. 23) W. Wei, Z. Ba, M. Gao, Y. Wu, Y. Ma, S. Amiard, C. I. White, J. M. Rendtlew Danielsen, Y. G. Yang & Y. Qi: Cell, 149, 101 (2012).
  24. 24) K. M. Michalik, R. Bottcher & K. Forstemann: Nucleic Acids Res., 40, 9596 (2012).
  25. 25) F. Michelini, S. Pitchiaya, V. Vitelli, S. Sharma, U. Gioia, F. Pessina, M. Cabrini, Y. Wang, I. Capozzo, F. Iannelli et al.: Nat. Cell Biol., 19, 1400 (2017).
  26. 26) F. Bonath, J. Domingo-Prim, M. Tarbier, M. R. Friedlander & N. Visa: Nucleic Acids Res., 46, 11869 (2018).
  27. 27) K. Kawaguchi, S. Satoh & J. Obokata: Genes Cells, 29, 681 (2024).
  28. 28) T. Schreiber, S. Tripathee, T. Iwen, A. Prange, K. Vahabi, R. Grutzner, C. Horn, S. Marillonnet & A. Tissier: bioRxiv, 2022.05.11.491484 (2022).
  29. 29) R. Bottcher, I. Schmidts, V. Nitschko, P. Duric & K. Forstemann: RNA Biol., 19, 68 (2022).


本文はトップページからログインをして頂くと表示されます。