解説

Mock Communityの開発とメタゲノム解析手法標準化の現在地
メタゲノム解析の精度を向上させ相互比較を実現する

Vol.63 No.8 Page. 369 - 375 (published date : 2025年8月1日)
大山 良文1, 三浦 隆匡1, 関口 勇地2
  1. 製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター
  2. 産業技術総合研究所モレキュラーバイオシステム研究部門
vol63_8

 

概要原稿

解析結果の相互比較が難しいとされるメタゲノム解析に対して，mock communityは解析の精度を評価し，解析データに参照性を与えるものとなる．現在，世界で流通するmock communityと，我々によるmock communityの開発，またそれを利用したヒトマイクロバイオーム解析手法の最適化について紹介する．

リファレンス

  1. 1) E. Allen-Vercoe, J. R. Carmical, S. P. Forry, M. H. Gail & R. Sinha: Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev., 28, 1949 (2019).
  2. 2) S. P. Forry, S. L. Servetas, J. G. Kralj, K. Soh, M. Hadjithomas, R. Cano, M. Carlin, M. G. Amorim, B. Auch, M. G. Bakker et al.: Sci. Rep., 14, 9785 (2024).
  3. 3) https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/cocktail/index.html.
  4. 4) D. M. Tourlousse, K. Narita, T. Miura, M. Sakamoto, A. Ohashi, K. Shiina, M. Matsuda, D. Miura, M. Shimamura, Y. Ohyama et al.: Microbiome, 9, 95 (2021).
  5. 5) Y. Ohyama, T. Miura, M. Furukawa, M. Shimamura, Y. Asami, A. Yamazoe, Y. Uchino & H. Kawasaki: Micorobes Environ, 40, ME24076 (2025).
  6. 6) O. M. de Bruin & H. C. Birnboim: BMC Microbiol., 16, 197 (2016).
  7. 7) https://www.nite.go.jp/nbrc/industry/microbiome/cocktail.html.
  8. 8) https://www.nite.go.jp/nbrc/industry/microbiome/cocktail20220113.html
  9. 9) https://www.nite.go.jp/nbrc/industry/microbiome/skinmock.html
  10. 10) https://jmbc.life/news/images/sop-v2.2.pdf
  11. 11) D. M. Tourlousse, K. Narita, T. Miura, A. Ohashi, M. Matsuda, Y. Ohyama, M. Shimamura, M. Furukawa, K. Kasahara, K. Kameyama et al.: Microbiol. Spectr., 10, e0191521 (2022).
  12. 12) https://jmbc.life/news/images/skin_ver.1.2.pdf.
  13. 13) https://jmbc.life/news/images/oral-cavity_ver.1.2.pdf
  14. 14) P. I. Costea, G. Zeller, S. Sunagawa, E. Pelletier, A. Alberti, F. Levenez, M. Tramontano, M. Driessen, R. Hercog, F. E. Jung et al.: Nat. Biotechnol., 35, 1069 (2017).
  15. 15) https://human-microbiome.org/index.php#SOPS
  16. 16) G. C. A. Amos, A. Logan, S. Anwar, M. Fritzsche, R. Mate, T. Bleazard & S. Rijpkema: Microbiome, 8, 98 (2020).
  17. 17) C. Sergaki, S. Anwar, M. Fritzsche, R. Mate, R. J. Francis, K. MacLellan-Gibson, A. Logan & G. C. A. Amos: Microbiome, 10, 123 (2022).
  18. 18) World Health Organization: WHO/BS/2023.2455 WHO 1st Reference Reagent for DNA extraction of gut microbiome, https://www.who.int/publications/m/item/who-bs-2023.2455 (2023).
  19. 19) S. Porcari, B. H. Mullish, F. Asnicar, S. C. Ng, L. Zhao, R. Hansen, P. W. O'Toole, J. Raes, G. Hold, L. Putignani et al.: Lancet Gastroenterol. Hepatol., 10, 154 (2025).


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