解説

細菌の発現制御機構をゲノムワイドに解析する
次世代シーケンサーを用いた高精度な網羅的解析の可能性

Vol.51 No.10 Page. 670 - 678 (published date : 2013年10月1日)
大島 拓1, 石川 周1
  1. 奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科

概要原稿

これまで，転写開始点や転写制御因子の結合部位を正確に決めるためには，個々の遺伝子ごとに，プライマー伸長法や DNase I フットプリントをしなければならなかった．ところが，次世代シーケンサーの登場で，それらの方法と同等の精度で，ゲノムワイドな解析ができるようになりつつある．これらの解析手法の登場で，細菌のゲノム解析は，どこまで分子メカニズムに迫れるだろう．最近，続々と発表された1～数塩基レベルの解像度をもつ網羅的解析手法について解説してみたい．

リファレンス

  1. 1) P. Stothard & D. S. Wishart : Curr. Opin. Microbiol., 9, 505 (2006).
  2. 2) N. C. Kyrpides : Nat. Biotech., 27, 627 (2009).
  3. 3) B. K. Cho, K. Zengler, Y. Qiu, Y. S. Park, E. M. Knight, C. L. Barrett, Y. Gao & B. O. Palsson : Nat. Biotech., 27, 1043 (2009).
  4. 4) Y. Qiu, B. K. Cho, Y. S. Park, D. Lovley, B. O. Palsson & K. Zengler : Genome Res., 20, 1304 (2010).
  5. 5) R. Yamashita, N. P. Sathira, A. Kanai, K. Tanimoto, T. Arauchi, Y. Tanaka, S. Hashimoto, S. Sugano, K. Nakai & Y. Suzuki : Genome Res., 21, 775 (2011).
  6. 6) Y. Suzuki, K. Yoshitomo-Nakagawa, K. Maruyama, A. Suyama & S. Sugano : Gene, 200, 149 (1997).
  7. 7) D. Kim, J. S. Hong, Y. Qiu, H. Nagarajan, J. H. Seo, B. K. Cho, S. F. Tsai & B. O. Palsson : PLoS Genet., 8, e1002867 (2012).
  8. 8) C. Kroger, S. C. Dillon, A. D. Cameron, K. Papenfort, S. K. Sivasankaran, K. Hokamp, Y. Chao, A. Sittka, M. Hebrard, K. Handler et al. : Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 109, E1277 (2012).
  9. 9) C. M. Sharma, S. Hoffmann, F. Darfeuille, J. Reignier, S. Findeiss, A. Sittka, S. Chabas, K. Reiche, J. Hackermuller, R. Reinhardt et al. : Nature, 464, 250 (2010).
  10. 10) M. Albrecht, C. M. Sharma, M. T. Dittrich, T. Muller, R. Reinhardt, J. Vogel & T. Rudel : Genome Biol., 12, R98 (2011).
  11. 11) M. Albrecht, C. M. Sharma, R. Reinhardt, J. Vogel & T. Rudel : Nucleic Acids Res., 38, 868 (2010).
  12. 12) J. Mitschke, A. Vioque, F. Haas, W. R. Hess & A. M. Muro-Pastor : Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108, 20130 (2011).
  13. 13) J. Mitschke, J. Georg, I. Scholz, C. M. Sharma, D. Dienst, J. Bantscheff, B. Voss, C. Steglich, A. Wilde, J. Vogel et al. : Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108, 2124 (2011).
  14. 14) E. Deltcheva, K. Chylinski, C. M. Sharma, K. Gonzales, Y. Chao, Z. A. Pirzada, M. R. Eckert, J. Vogel & E. Charpentier : Nature, 471, 602 (2011).
  15. 15) D. Jager, C. M. Sharma, J. Thomsen, C. Ehlers, J. Vogel & R. A. Schmitz : Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 106, 21878 (2009).
  16. 16) L. Mamanova, R. M. Andrews, K. D. James, E. M. Sheridan, P. D. Ellis, C. F. Langford, T. W. Ost, J. E. Collins & D. J. Turner : Nat. Methods, 7, 130 (2010).
  17. 17) Z. Weinberg, J. E. Barrick, Z. Yao, A. Roth, J. N. Kim, J. Gore, J. X. Wang, E. R. Lee, K. F. Block, N. Sudarsan et al. : Nucleic Acids Res., 35(14), 4809 (2007).
  18. 18) E. P. Nawrocki, D. L. Kolbe & S. R. Eddy : Bioinformatics, 25, 1335 (2009).
  19. 19) A. Sittka, S. Lucchini, K. Papenfort, C. M. Sharma, K. Rolle, T. T. Binnewies, J. C. Hinton & J. Vogel : PLoS Genet., 4, e1000163 (2008).
  20. 20) C. Kahramanoglou, A. S. Seshasayee, A. I. Prieto, D. Ibberson, S. Schmidt, J. Zimmermann, V. Benes, G. M. Fraser & N. M. Luscombe : Nucleic Acids Res., 39, 2073 (2011).
  21. 21) O. Chumsakul, K. Nakamura, T. Kurata, T. Sakamoto, J. L. Hobman, N. Ogasawara, T. Oshima & S. Ishikawa : DNA Res., in press.
  22. 22) H. S. Rhee & B. F. Pugh : Cell, 147, 1408 (2011).
  23. 23) H. S. Rhee & B. F. Pugh : Nature, 483(7389), 295 (2012).
  24. 24) K. Yen, V. Vinayachandran, K. Batta, R. T. Koerber & B. F. Pugh : Cell, 149, 1461 (2012).


本文はトップページからログインをして頂くと表示されます。