解説

ビッグ・データ・バイオロジー
医食同源と生態学の体系化に向けて

Vol.53 No.9 Page. 600 - 607 (published date : 2015年8月20日)
平井（森田） 晶1, 中村 由紀子1, 黄 銘1, 佐藤 哲大1, 小野 直亮1, 西岡 孝明1, 白井 剛2, 金谷 重彦1
  1. 奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
  2. 長浜バイオ大学コンピュータバイオサイエンス学科
vol53_9

 

概要原稿

2009年，Jim Grayの「第4のパラダイム：データ集約型の科学的発見」がもととなって，データ・サイエンスという新たな研究分野が提案された．データ・サイエンスとは，データに基づいて科学の分野間を横断し，現象を解析することにより，政策決定などの意思決定にまでつなぐことが目標となっている．このような分野横断型の研究対象として，地球環境，医療，ライフサイエンス，生物科学，生体医工学，センサーを介した地球観測や宇宙観測に関する分野が例として挙げられる．本稿では，食品，生薬ならびに生態系の理解を目指し研究開発が進められているKNApSAcK Family DBならびにその活用例を紹介する．

リファレンス

  1. 1) T. Hey, S. Tansley & K. Tolle: “The fourth paradigm: data-intensive scientific discovery,” Microsoft Research, 2009.
  2. 2) W. Callebaut: Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences, 43, 69 (2012).
  3. 3) 中村由紀子，小野直亮，佐藤哲大，森田（平井）晶，杉浦忠男，Altaf-Ul-Amin，金谷重彦：“生命のビッグデータ利用の最前線”，植田充美監修，CMC books, 2014, pp. 84–92.
  4. 4) M. A. U. Amin, F. M. Afendi, S. K. Kiboi & S. Kanaya: BioMed Research International, 2014, 428570, 1 (2014).
  5. 5) F. M. Afendi, N. Ono, Y. Nakamura, K. Nakamura, L. K. Darusman, N. Kibinge, A. H. Morita, K. Tanaka, H. Horai, M. A. U. Amin et al.: Comput. Struct. Biotechnol. J., 4, e201301010 (2013).
  6. 6) Y. Nakamura, F. M. Afendi, A. K. Parvin, N. Ono, K. Tanaka, A. M. Hirai, T. Sato, T. Sugiura, M. A. U. Amin & S. Kanaya: Plant Cell Physiol., 55, e7 (2014).
  7. 7) S. Ikeda, T. Abe, Y. Nakamura, N. Kibinge, A. Hirai Morita, A. Nakatani, N. Ono, T. Ikemura, K. Nakamura, M. Altaf-Ul-Amin et al.: Plant Cell Physiol., 54, 711 (2013).
  8. 8) K. Nakamura, N. Shimura, Y. Otabe, A. M. Hirai, Y. Nakamura, N. Ono, M. A. U. Amin & S. Kanaya: Plant Cell Physiol., 54, e4 (2013).
  9. 9) F. M. Afendi, T. Okada, M. Yamazaki, A. M. Hirai, Y. Nakamura, K. Nakamura, S. Ikeda, H. Takahashi, M. A. U. Amin, L. K. Darusman et al.: Plant Cell Physiol., 53, e1 (2012).
  10. 10) Y. Shinbo, Y. Nakamura, M. A. U. Amin, H. Asahi, K. Kurokawa, M. Arita, K. Saito, D. Ohta, D. Shibata & S. Kanaya: Biotechnol. Agric. Forestry, 57, 165 (2006).
  11. 11) 平井（森田）晶，中村由紀子，佐藤哲大，小野直亮，黄　銘，金谷重彦：食品と開発，49, 1 (2014).
  12. 12) 金谷重彦，平井（森田）晶，旭　弘子，高橋弘喜，中村建介，M. A. U. Amin，二瓶義人，池田　奨，尾嶌雄也，西岡孝明：実験医学，29, 2460 (2011).
  13. 13) 桂樹哲雄，小野直亮，平井（森田）晶，中村由紀子，M. A. U. Amin，金谷重彦：Food & Food Ingredients J. Japan, 218, 43 (2013).
  14. 14) S. Yamaguchi & K. Ninomiya: J. Nutr., 130(4S Suppl.), 921S (2000).
  15. 15) S. H. Wijaya, H. Husnawati, F. M. Afend, I. Batubara, L. K. Darusman, M. A. U. Amin, T. Sato, N. Ono, T. Sugiura & S. Kanaya: BioMed Research International, 2014, 831751, 1 (2014).
  16. 16) F. M. Afendi, T. Katsuragi, A. Kato, N. Nishihara, K. Nakamura, Y. Nakamura, K. Tanaka, A. M. Hirai, M. A. U. Amin, H. Takahashi et al.: Cur. Pharmacogenomics Personalized Med., 10, 111 (2012).
  17. 17) F. M. Afendi, L. K. Darusman, M. Fukuyama, M. A. U. Amin & S. Kanaya: Malalysian J. Math. Sci., 6, 147 (2012).
  18. 18) T. Okada, F. M. Afendi, M. A. U. Amin, H. Takahashi, K. Nakamura & S. Kanaya: Cur. Comput. Aided Drug Design, 10, 179 (2010).
  19. 19) M. Saito, N. Takemura & T. Shirai: J. Mol. Biol., 424, 379 (2012).
  20. 20) Y. Ohtana, A. A. Abdullah, M. A. U. Amin, M. Huang, N. Ono, T. Sato, T. Sugiura, H. Horai, Y. Nakamura, A. M. Hirai et al.: Mol. Inf., 33, 790 (2014).
  21. 21) 高林純示，矢崎一史，斉藤拓也，金谷重彦：Aroma Res., 57, 61 (2014).
  22. 22) M. Huang, T. Tamura, W. Chen & S. Kanaya: J. Therm. Biol., 47, 26 (2015).
  23. 23) M. Huang, T. Tamura, W. Chen, K. Kitamura, T. Nemoto & S. Kanaya: “Geometrical improvement of a noninvasive core temperature thermometer based on numeric modeling and experiment validation,” 7th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies (BIOSTEC 2014), 2014, pp. 23–27.


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