セミナー室 / 植物科学におけるバイオインフォマティクス活用法

クラウド型計算機資源利用に基づいた新型DNAシークエンサ大量配列解析

Vol.49 No.3 Page. 193 - 198 (published date : 2011年3月1日)
神沼 英里1, 中村 保一1
  1. 国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センター

概要原稿

ゲノム研究分野では 塩基配列を決定するDNAシークエンシング装置の解読速度が近年加速的に進歩した結果 ゲノム解析数や疾患遺伝子同定数が飛躍的に伸びている 新型または次世代シークエンサと呼ばれるこの高速シークエンシング装置の普及に伴い 大量の塩基配列が低コストで短期間に得られるようになった しかし同時に 大規模配列データは保管用ストレージに解析用計算機不足 さらには解析するための研究者や技術者が足りないという問題をひき起こしている

リファレンス

  1. 1) M. L. Metzker : Nature Rev. Genet., 11, 31 (2010).
  2. 2) 浦本直彦：情報処理，50(11), 1099, (2009).
  3. 3) B. Langmead, K. D. Hansen & J. T. Leek : Genome Biology, 11, R83 (2010).
  4. 4) http://www.solidbioscope.com http://www.solidbioscope.com
  5. 5) http://www.ebi.ac.uk/Tools/rcloud http://www.ebi.ac.uk/Tools/rcloud
  6. 6) P. J. Cock, C. J. Fields, N. Goto,M. L. Heuer & P. M. Rice : Nucleic Acids Res., 38, 1767 (2010).
  7. 7) The 1000 Genomes Project Consortium : Nature, 467, 1061 (2010).
  8. 8) http://sra.dbcls.jp http://sra.dbcls.jp
  9. 9) http://twitter.com(たとえば@illuminainfoアカウントの発信内容を見るには，http://twitter.com/illuminainfoのURLにウェブブラウザからアクセスする) http://twitter.com
  10. 10) http://qa.lifesciencedb.jp http://qa.lifesciencedb.jp
  11. 11) http://www.genome-sci.jp http://www.genome-sci.jp


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