解説

AtCAST
シロイヌナズナの発展型トランスクリプトームデータ解析ツール

Vol.54 No.6 Page. 408 - 415 (published date : 2016年5月20日)
筧 雄介1, 嶋田 幸久1
  1. 横浜市立大学・木原生物学研究所
vol54_6

 

概要原稿

本稿では進歩し続けているトランスクリプトーム解析を取り巻く現状と，関連する解析ツールについて紹介する．なかでも，モデル植物のシロイヌナズナのトランスクリプトーム解析用にわれわれが最近開発しウェブ上で提供しているAtCAST（http://atpbsmd.yokohama-cu.ac.jp/）について詳しく解説する．近年ではトランスクリプトームデータ同士や各種オミクスデータなどを合わせてさらに解析するなど，発展型トランスクリプトーム解析ツールの開発が盛んである．AtCASTはこのような発展型トランスクリプトーム解析ツールの一つであり，基本的な統計解析に引き続いてGOE解析やMCN解析といったトランスクリプトームデータの解釈を助ける解析をまとめて行うツールである．

リファレンス

  1. 1) 内田和彦：化学と生物，38, 10 (2009).
  2. 2) 勝間　進，辻本豪三：化学と生物，41, 3 (2009).
  3. 3) 成相直樹：日本進化学会ニュース，15, 2 (2014).
  4. 4) T. Obayashi, Y. Okamura, S. Ito, S. Tadaka, Y. Aoki, M. Shirota & K. Kinoshita: Plant Cell Physiol., 55, e6 (2014).
  5. 5) S. De Bodt, J. Hollunder, H. Nelissen, N. Meulemeester & D. Inzé: New Phytol., 195, 707 (2012).
  6. 6) V. Srinivasasainagendra, G. P. Page, T. Mehta, I. Coulibaly & A. E. Loraine: Plant Physiol., 147, 1004 (2008).
  7. 7) Y. Sato, N. Namiki, H. Takehisa, K. Kamatsuki, H. Minami, H. Ikawa, H. Ohyanagi, K. Sugimoto, J. Itoh, B. A. Antonio et al.: Nucleic Acids Res., 41(D1), D1214 (2013).
  8. 8) S. van Dam, T. Craig & J. P. de Magalhães: Nucleic Acids Res., 43(D1), D1124 (2015).
  9. 9) D. Winter, B. Vinegar, H. Nahal, R. Ammar, G. V. Wilson & N. J. Provart: PLoS ONE, 2, e718 (2007).
  10. 10) Z. Du, X. Zhou, Y. Ling, Z. Zhang & Z. Su: Nucleic Acids Res., 38(Web Server), W64 (2010).
  11. 11) M. Ashburner, C. A. Ball, J. A. Blake, D. Botstein, H. Butler, J. M. Cherry, A. P. Davis, K. Dolinski, S. S. Dwight, J. T. Eppig et al.: New Phytol., 195, 707 (2012).
  12. 12) O. Thimm, O. Bläsing, Y. Gibon, A. Nagel, S. Meyer, P. Krüger, J. Selbig, L. A. Müller, S. Y. Rhee & M. Stitt: Plant J., 37, 914 (2004).
  13. 13) A. J. Nagano, Y. Sato, M. Mihara, B. A. Antonio, R. Motoyama, H. Itoh, Y. Nagamura & T. Izawa: Cell, 151, 1358 (2012).
  14. 14) T. Sakurai, Y. Yamada, Y. Sawada, F. Matsuda, K. Akiyama, K. Shinozaki, M. Y. Hirai & K. Saito: Plant Cell Physiol., 54, e5 (2013).
  15. 15) T. Kudo, K. Akiyama, M. Kojima, N. Makita, T. Sakurai & H. Sakakibara: Plant Cell Physiol., 54, e9 (2013).
  16. 16) M. Naika, K. Shameer, O. K. Mathew, R. Gowda & R. Sowdhamini: Plant Cell Physiol., 54, e8 (2013).
  17. 17) R. Zaag, J. P. Tamby, C. Guichard, Z. Tariq, G. Rigaill, E. Delannoy, J. Renou, S. Balzergue, T. Mary-Huard, S. Aubourg et al.: Nucleic Acids Res., 43(D1), D1010 (2015).
  18. 18) E. Sasaki, C. Takahashi, T. Asami & Y. Shimada: Plant Cell Physiol., 52, 169 (2011).
  19. 19) K. Soeno, H. Goda, T. Ishii, T. Ogura, T. Tachikawa, E. Sasaki, S. Yoshida, S. Fujioka, T. Asami & Y. Shimada: Plant Cell Physiol., 51, 524 (2010).
  20. 20) E. Sasaki, T. Ogura, K. Takei, M. Kojima, N. Kitahata, H. Sakakibara, T. Asami & Y. Shimada: Phytochemistry, 87, 30 (2013).
  21. 21) Y. Kakei & Y. Shimada: Plant Cell Physiol., 56, e7 (2015).
  22. 22) E. Hubbell, W.-M. Liu & R. Mei: Bioinformatics, 18, 1585 (2002).
  23. 23) R. A. Irizarry, B. Hobbs, F. Collin, Y. D. Beazer-Barclay, K. J. Antonellis, U. Scherf & T. P. Speed: Biostat, 4, 249 (2003).
  24. 24) Z. Wu, R. A. Irizarry, R. Gentleman, F. Martinez-Murillo & F. Spencer: J. Am. Stat. Assoc., 99, 909 (2004).
  25. 25) S. Hochreiter, D.-A. Clevert & K. Obermayer: Bioinformatics, 22, 943 (2006).
  26. 26) Z. Chen, M. McGee, Q. Liu & R. H. Scheuermann: Bioinformatics, 23, 321 (2007).
  27. 27) C. Trapnell, L. Pachter & S. L. Salzberg: Bioinformatics, 25, 1105 (2009).
  28. 28) C. Trapnell, B. A. Williams, G. Pertea, A. Mortazavi, G. Kwan, M. J. van Baren, S. L. Salzberg, B. J. Wold & L. Pachter: Nat. Biotechnol., 28, 511 (2010).
  29. 29) D. J. McCarthy, Y. Chen & G. K. Smyth: Nucleic Acids Res., 40, 4288 (2012).
  30. 30) S. Anders & W. Huber: Genome Biol., 11, R106 (2010).
  31. 31) Y. Katz, E. T. Wang, E. M. Airoldi & C. B. Burge: Nat. Methods, 7, 1009 (2010).
  32. 32) T. J. Wilson & S. X. Ge: Comp. Funct. Genomics, 2012, 650842 (2012).
  33. 33) M. Vazquez, R. Nogales-Cadenas, J. Arroyo, P. Botías, R. García, J. M. Carazo, F. Tirado, A. Pascual-Montano & P. Carmona-Saez: Nucleic Acids Res., 38(Suppl. 2), W228 (2010).


本文はトップページからログインをして頂くと表示されます。