解説

ベニバナ色素生合成経路のトランスクリプトーム解析による解明
紅の生産にかかわる遺伝子に迫る

Vol.55 No.11 Page. 767 - 774 (published date : 2017年10月20日)
数馬 恒平1,2, 兼目 裕充3, 篠崎 淳一4
  1. 名古屋大学大学院情報学研究科
  2. 帝京科学大学生命環境学部
  3. 徳島文理大学薬学部
  4. 昭和薬科大学薬学部
vol55_11

 

概要原稿

紅（べに）は紅花（ベニバナ）の加工花から得られる赤色色素であり，その数千年にも及ぶ用途は，動物性および植物性繊維の染色，化粧品，医薬品および食用色素である．筆者らは紅の前駆物質などベニバナ色素の化学構造を決めて以来，ベニバナが紅を合成する仕組みについて興味をもってきた．最近，花で発現する遺伝子を網羅的に明らかにするトランスクリプトーム解析を行うことで，紅の生合成にかかわる遺伝子の候補が見えてきた．本稿では紅の化学的および生物学的背景について，また最新の研究結果と周辺領域の研究とを合わせて見えてくる紅の推定生合成経路について解説する．

リファレンス

  1. 1) C. Kuroda: J. Chem. Soc., 1930, 752 (1930).
  2. 2) H. Obara & J. Onodera: Chem. Lett., 8, 201 (1979).
  3. 3) Y. Takahashi, N. Miyasaka, S. Tasaka, I. Miura, S. Urano, M. Ikura, K. Hikichi, T. Matsumoto & M. Wada: Tetrahedron Lett., 23, 5163 (1982).
  4. 4) T. Hayashi, K. Ohmori & K. Suzuki: Org. Lett., 19, 866 (2017).
  5. 5) T. Kumazawa, S. Sato, D. Kanenari, A. Kunimatsu, R. Hirose, S. Matsuba, H. Obara, M. Suzuki, M. Sato & J.-i. Onodera: Chem. Lett., 23, 2343 (1994).
  6. 6) K. Kazuma, E. Shirai, M. Wada, K. Umeo, A. Sato, T. Matsumoto & T. Okuno: Biosci. Biotechnol. Biochem., 59, 1588 (1995).
  7. 7) 日本食品化学研究振興財団：既存添加物名簿収載品目リスト，http://www.ffcr.or.jp/zaidan/MHWinfo.nsf/a11c0985ea3cb14b492567ec002041df/c3f4c591005986d949256fa900252700?OpenDocument, 2014.
  8. 8) K. Kazuma, T. Takahashi, K. Sato, H. Takeuchi, T. Matsumoto & T. Okuno: Biosci. Biotechnol. Biochem., 64, 1588 (2000).
  9. 9) H. Li, Y. Dong, J. Yang, X. Liu, Y. Wang, N. Yao, L. Guan, N. Wang, J. Wu & X. Li: PLOS ONE, 7, e30987 (2012).
  10. 10) H. Lulin, Y. Xiao, S. Pei, T. Wen & H. Shangqin: PLOS ONE, 7, e38653 (2012).
  11. 11) X. Liu, Y. Dong, N. Yao, Y. Zhang, N. Wang, X. Cui, X. Li, Y. Wang, F. Wang, J. Yang et al.: Int. J. Mol. Sci., 16, 25657 (2015).
  12. 12) DDBJ: DDBJ Read Annotation Pipeline, https://p.ddbj.nig.ac.jp/pipeline/, 2017.
  13. 13) SEQanswers: SEQanswers: the next generation sequencing community, http://seqanswers.com/, 2017.
  14. 14) DBCLS: TOGO TV, http://togotv.dbcls.jp/, 2017.
  15. 15) U. J. Team: Ubuntu, https://www.ubuntulinux.jp/, 2017.
  16. 16) R. Schmieder, Y. Lim, F. Rohwer & R. Edwards: TagCleaner: for cleaner sequences, http://tagcleaner.sourceforge.net/index.html, 2013.
  17. 17) B. Haas: RNA-Seq De novo Assembly Using Trinity, https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki, 2017.
  18. 18) A. Raymond: ABySS: Assembly By Short Sequences—A de novo, parallel, paired-end sequence assembler, http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss, 2016.
  19. 19) X. Huang: CAP3 and PCAP and PCAP.Solexa, http://seq.cs.iastate.edu/, 2017.
  20. 20) W. Li: CD-HIT, http://weizhongli-lab.org/cd-hit/, 2017.
  21. 21) B. Langmead: Bowtie 2: Fast and sensitive read alignment, http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml, 2017.
  22. 22) B. Haan: TransDecoder (Find Coding Regions Within Transcripts), https://transdecoder.github.io/, 2015.
  23. 23) A. Roberts: eXpress: Streaming quantification for high-throughput sequencing, https://pachterlab.github.io/eXpress/overview.html, 2017.
  24. 24) A. Saeed: MeV, https://sourceforge.net/projects/mev-tm4/, 2017.
  25. 25) J. Shinozaki, H. Kenmoku, K. Nihei, K. Masuda, M. Noji, K. Konno, Y. Asakawa & K. Kazuma: Nat. Prod. Commun., 11, 787 (2016).
  26. 26) M. B. Austin & J. P. Noel: Nat. Prod. Rep., 20, 79 (2003).
  27. 27) 森田洋行，阿部郁朗：化学と生物，47, 772 (2009).
  28. 28) I. Abe, Y. Takahashi, H. Morita & H. Noguchi: Eur. J. Biochem., 268, 3354 (2001).
  29. 29) M. Brazier-Hicks, K. M. Evans, M. C. Gershater, H. Puschmann, P. G. Steel & R. Edwards: J. Biol. Chem., 284, 17926 (2009).
  30. 30) M. L. Falcone Ferreyra, E. Rodriguez, M. I. Casas, G. Labadie, E. Grotewold & P. Casati: J. Biol. Chem., 288, 31678 (2013).
  31. 31) Y. Nagatomo, S. Usui, T. Ito, A. Kato, M. Shimosaka & G. Taguchi: Plant J., 80, 437 (2014).
  32. 32) D. Chen, R. Chen, R. Wang, J. Li, K. Xie, C. Bian, L. Sun, X. Zhang, J. Liu, L. Yang et al.: Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 54, 12678 (2015).
  33. 33) Y. Hirade, N. Kotoku, K. Terasaka, Y. Saijo-Hamano, A. Fukumoto & H. Mizukami: FEBS Lett., 589, 1778 (2015).
  34. 34) T. Ito, S. Fujimoto, F. Suito, M. Shimosaka & G. Taguchi: Plant J., 91, 187 (2017).
  35. 35) J.-i. Onodera, K.-i. Kawamoto, S. Matsuba, S. Sato, H. Kojima, Y. Kaneya & H. Obara: Chem. Lett., 24, 901 (1995).


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