解説

シロイヌナズナ種内系統間におけるエピゲノム多様性
1001エピゲノムプロジェクト

Vol.55 No.12 Page. 810 - 816 (published date : 2017年11月20日)
川勝 泰二1
  1. 農業・食品産業技術総合研究機構
vol55_12

 

概要原稿

エピゲノムとは生物がもつDNAメチル化やヒストン修飾などの全情報であり，全塩基配列情報であるゲノムと同様に細胞分裂を経ても遺伝しうる．エピゲノムの変化はゲノムへのアクセシビリティや機能，クロマチン構造を変化させる．したがってエピゲノムの変化は塩基配列を変化させることなくエピジェネティックに遺伝子発現や表現型の違いを生み出すことができる．近年ゲノム多様性は積極的に作物育種に取り込まれている一方で，エピゲノム多様性に関する知見は限られており，作物育種への利用にはほど遠い．本稿ではモデル植物であるシロイヌナズナにおけるエピゲノム多様性とその生物学的意義に関する研究について紹介する．

リファレンス

  1. 1) Z. K. O'Brown & E. L. Greer: Adv. Exp. Med. Biol., 945, 213 (2016).
  2. 2) R. Lister, M. Pelizzola, R. H. Dowen, R. D. Hawkins, G. Hon, J. Tonti-Filippini, J. R. Nery, L. Lee, Z. Ye, Q. M. Ngo et al.: Nature, 462, 315 (2009).
  3. 3) R. Lister, E. A. Mukamel, J. R. Nery, M. Urich, C. A. Puddifoot, N. D. Johnson, J. Lucero, Y. Huang, A. J. Dwork, M. D. Schultz et al.: Science, 341, 1237905 (2013).
  4. 4) M. Pelizzola & J. R. Ecker: FEBS Lett., 585, 1994 (2011).
  5. 5) M. W. Kankel, D. E. Ramsey, T. L. Stokes, S. K. Flowers, J. R. Haag, J. A. Jeddeloh, N. C. Riddle, M. L. Verbsky & E. J. Richards: Genetics, 163, 1109 (2003).
  6. 6) L. Bartee, F. Malagnac & J. Bender: Genes Dev., 15, 1753 (2001).
  7. 7) A. M. Lindroth, X. Cao, J. P. Jackson, D. Zilberman, C. M. McCallum, S. Henikoff & S. E. Jacobsen: Science, 292, 2077 (2001).
  8. 8) H. Stroud, T. Do, J. Du, X. Zhong, S. Feng, L. Johnson, D. J. Patel & S. E. Jacobsen: Nat. Struct. Mol. Biol., 21, 64 (2014).
  9. 9) A. Zemach, M. Y. Kim, P. H. Hsieh, D. Coleman-Derr, L. Eshed-Williams, K. Thao, S. L. Harmer & D. Zilberman: Cell, 153, 193 (2013).
  10. 10) J. A. Law, J. Du, C. J. Hale, S. Feng, K. Krajewski, A. M. Palanca, B. D. Strahl, D. J. Patel & S. E. Jacobsen: Nature, 498, 385 (2013).
  11. 11) L. M. Johnson, J. Du, C. J. Hale, S. Bischof, S. Feng, R. K. Chodavarapu, X. Zhong, G. Marson, M. Pellegrini, D. J. Segal et al.: Nature, 507, 124 (2014).
  12. 12) J. Zhai, S. Bischof, H. Wang, S. Feng, T. F. Lee, C. Teng, X. Chen, S. Y. Park, L. Liu, J. Gallego-Bartolome et al.: Cell, 163, 445 (2015).
  13. 13) T. Blevins, R. Podicheti, V. Mishra, M. Marasco, J. Wang, D. Rusch, H. Tang & C. S. Pikaard: eLife, 4, e09591 (2015).
  14. 14) J. A. Law & S. E. Jacobsen: Nat. Rev. Genet., 11, 204 (2010).
  15. 15) D. Cuerda-Gil & R. K. Slotkin: Nat. Plants, 2, 16163 (2016).
  16. 16) A. Pecinka, A. Abdelsamad & G. T. Vu: Trends Plant Sci., 18, 625 (2013).
  17. 17) R. J. Schmitz & J. R. Ecker: Trends Plant Sci., 17, 149 (2012).
  18. 18) T. Kawakatsu, S. S. Huang, F. Jupe, E. Sasaki, R. J. Schmitz, M. A. Urich, R. Castanon, J. R. Nery, C. Barragan, Y. He et al.: Cell, 166, 492 (2016).
  19. 19) 1001 Genomes Consortium: Cell, 166, 481 (2016).
  20. 20) R. K. Tran, J. G. Henikoff, D. Zilberman, R. F. Ditt, S. E. Jacobsen & S. Henikoff: Curr. Biol., 15, 154 (2005).
  21. 21) X. Zhang, J. Yazaki, A. Sundaresan, S. Cokus, S. W. Chan, H. Chen, I. R. Henderson, P. Shinn, M. Pellegrini, S. E. Jacobsen et al.: Cell, 126, 1189 (2006).
  22. 22) D. Zilberman, M. Gehring, R. K. Tran, T. Ballinger & S. Henikoff: Nat. Genet., 39, 61 (2007).
  23. 23) D. Coleman-Derr & D. Zilberman: PLOS Genet., 8, e1002988 (2012).
  24. 24) A. J. Bewick, L. Ji, C. E. Niederhuth, E. M. Willing, B. T. Hofmeister, X. Shi, L. Wang, Z. Lu, N. A. Rohr, B. Hartwig et al.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 113, 9111 (2016).
  25. 25) T. Kawakatsu, T. Stuart, M. Valdes, N. Breakfield, R. J. Schmitz, J. R. Nery, M. A. Urich, X. Han, R. Lister, P. N. Benfey et al.: Nat. Plants, 2, 16058 (2016).
  26. 26) R. J. Schmitz, M. D. Schultz, M. A. Urich, J. R. Nery, M. Pelizzola, O. Libiger, A. Alix, R. B. McCosh, H. Chen, N. J. Schork et al.: Nature, 495, 193 (2013).
  27. 27) B. Luff, L. Pawlowski & J. Bender: Mol. Cell, 3, 505 (1999).
  28. 28) M. J. Dubin, P. Zhang, D. Meng, M. S. Remigereau, E. J. Osborne, F. Paolo Casale, P. Drewe, A. Kahles, G. Jean, B. Vilhjalmsson et al.: eLife, 4, e05255 (2015).
  29. 29) H. Stroud, M. V. Greenberg, S. Feng, Y. V. Bernatavichute & S. E. Jacobsen: Cell, 152, 352 (2013).


本文はトップページからログインをして頂くと表示されます。