全文PDF :
英文要旨および目次PDF :

巻頭言

定年退職した．あとは後進に託す！  /  片岡 宏誌

Page. 239 - 239 (published date : 2025年6月1日)

冒頭文

リファレンス

2024年3月に東京大学を定年退職した．大学入学から大学院修了までの学生時代も加えると，45年間の「東大の片岡」からやっと解放された．

 

今日の話題

1細胞シーケンス技術が拓く新たな植物研究の世界  /  諸橋 賢吾

Page. 240 - 242 (published date : 2025年6月1日)

概要原稿

リファレンス

近年の1細胞シーケンス技術の発展は，植物の細胞レベルでの生命現象解明を加速している．作物研究への応用や技術的課題を克服しつつ，低コスト化や国際プロジェクトでさらなる進展が見込まれる．

1. 1) M. T. Islam, Y. Liu, M. M. Hassan, P. E. Abraham, J. Merlet, A. Townsend, D. Jacobson, C. R. Buell, G. A. Tuskan & X. Yang: Biodes. Res., 6, 0029 (2024).
2. 2) E. Z. Macosko, A. Basu, R. Satija, J. Nemesh, K. Shekhar, M. Goldman, I. Tirosh, A. R. Bialas, N. Kamitaki, E. M. Martersteck et al.: Cell, 161, 1202 (2015).
3. 3) A. M. Klein, L. Mazutis, I. Akartuna, N. Tallapragada, A. Veres, V. Li, L. Peshkin, D. A. Weitz & M. W. Kirschner: Cell, 161, 1187 (2015).
4. 4) C. Chen, Y. Ge & L. Lu: Front. Plant Sci., 14, 1185377 (2023).
5. 5) T. Denyer, X. Ma, S. Klesen, E. Scacchi, K. Nieselt & M. C. P. Timmermans: Dev. Cell, 48, 840 (2019).
6. 6) X. Xu, M. Crow, B. R. Rice, F. Li, B. Harris, L. Liu, E. Demesa-Arevalo, Z. Lu, L. Wang, N. Fox et al.: Dev. Cell, 56, 557 (2021).
7. 7) T.-Q. Zhang, Y. Chen, Y. Liu, W.-H. Lin & J.-W. Wang: Nat. Commun., 12, 2053 (2021).
8. 8) S. Yanyan, J. Sun, C. Lin, J. Zhang, H. Yan, Z. Guan & C. Zhang: Cells (Basel, Switzerland), 13, 1561 (2024).
9. 9) S. Sun, X. Shen, Y. Li, Y. Li, S. Wang, R. Li, H. Zhang, G. Shen, B. Guo, J. Wei et al.: Nat. Plants, 9, 179 (2023).
10. 10) T. Nobori, A. Monell, T. A. Lee, Y. Sakata, S. Shirahama, J. Zhou, J. R. Nery, A. Mine & J. R. Ecker: Nature, 638, 197 (2025).
11. 11) S. A. Cervantes-Perez, S. Thibivillliers, S. Tennant & M. Libault: Plant Sci., 325, 111486 (2022).
12. 12) C. Grones, T. Eekhout, D. Shi, M. Neumann, L. S. Berg, Y. Ke, R. Shahan, K. L. Cox Jr., F. Gomez-Cano, H. Nelissen et al.: Plant Cell, 36, 812 (2024).
13. 13) Plant Cell Atlas Consortium, S. G. Jha, A. T. Borowsky, B. J. Cole, N. Fahlgren, A. Farmer, S.-S. C. Huang, P. Karia, M. Libault, N. J. Provart, S. L. Rice et al.: eLife, 10, e66877 (2021).
14. 14) D. Huang, N. Ma, X. Li, Y. Gou, Y. Duan, B. Liu, J. Xia, X. Zhao, X. Wang, Q. Li et al.: J. Hematol. Oncol., 16, 98 (2023).

進化するチロシン残基選択的タンパク質化学修飾法  /  佐藤 伸一

Page. 243 - 245 (published date : 2025年6月1日)

概要原稿

リファレンス

タンパク質の機能化手法として，近年チロシン残基（Tyr）を標的とした化学修飾法が注目され，求電子剤やラジカル種を用いた方法が開発されている．本稿では，筆者らの最近の手法を中心にTyr標的のバイオコンジュゲーションを紹介する．

1. 1) H. Ban, J. Gavrilyuk & C. F. Barbas 3rd: J. Am. Chem. Soc., 132, 1523 (2010).
2. 2) D. Alvarez-Dorta, C. Thobie-Gautier, M. Croyal, M. Bouzelha, M. Mevel, D. Deniaud, M. Boujtita & S. G. Gouin: J. Am. Chem. Soc., 140, 17120 (2018).
3. 3) E. Denijs, K. Unal, K. Bevernaege, S. Kasmi, B. G. De Geest & J. M. Winne: J. Am. Chem. Soc., 146, 12672 (2024).
4. 4) H. S. Hahm, E. K. Toroitich, A. L. Borne, J. W. Brulet, A. H. Libby, K. Yuan, T. B. Ware, R. L. McCloud, A. M. Ciancone & K.-L. Hsu: Nat. Chem. Biol., 16, 150 (2020).
5. 5) H. Jiang, Q. Zhang, Y. Zhang, H. Feng, H. Jiang, F. Pu, R. Yu, Z. Zhong, C. Wang, Y. M. E. Fung et al.: Chem. Commun., 58, 7066 (2022).
6. 6) S. Sato, K. Nakamura & H. Nakamura: ACS Chem. Biol., 10, 2633 (2015).
7. 7) S. Sato, M. Matsumura, T. Kadonosono, S. Abe, T. Ueno, H. Ueda & H. Nakamura: Bioconjug. Chem., 31, 1417 (2020).
8. 8) S. Sato, M. Matsumura, H. Ueda & H. Nakamura: Chem. Commun., 57, 9760 (2021).
9. 9) K. Nakane, C. Fujimura, S. Miyano, Z. Liu, T. Niwa, H. Nishi, T. Kadonosono, H. Taguchi, S. Tomoshige, M. Ishikawa et al.: Chem. Commun., 60, 14208 (2024).
10. 10) S. Sato, S. Miyano, K. Nakane, Z. Liu, M. Kumashiro, T. Saio, Y. Tanaka, A. Shigenaga, C. Fujimura, E. Koyanagi et al.: Tetrahedron Chem., 12, 100111 (2024).

味覚受容体における新規感度調節機構の発見  /  郷田 竜生, 三坂 巧

Page. 246 - 248 (published date : 2025年6月1日)

概要原稿

リファレンス

脊椎動物の味覚系では，嗜好味受容体T1Rが栄養性呈味物質（アミノ酸など）の感知を担う．我々は，一部魚類のT1Rのアミノ酸受容能を細胞外塩化物イオンが直接制御する現象を見出し，そのメカニズムの一端を解明した．

1. 1) A. Taruno, K. Nomura, T. Kusakizako, Z. Ma, O. Nureki & J. K. Foskett: Pflugers Arch., 473, 3 (2021).
2. 2) N. Nuemket, N. Yasui, Y. Kusakabe, Y. Nomura, N. Atsumi, S. Akiyama, E. Nango, Y. Kato, M. K. Kaneko, J. Takagi et al.: Nat. Commun., 8, 15530 (2017).
3. 3) N. Atsumi, K. Yasumatsu, Y. Takashina, C. Ito, N. Yasui, R. F. Margolskee & A. Yamashita: eLife, 12, e84291 (2023).
4. 4) A. S. Tora, X. Rovira, I. Dione, H. O. Bertrand, I. Brabet, Y. De Konick, N. Doyon, J. P. Pin, F. Acher & C. Goudet: FASEB J., 29, 4174 (2015).
5. 5) H. Liu, P. Yi, W. Zhao, Y. Wu, F. Acher, J. P. Pin, J. Liu & P. Rondard: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 117, 21711 (2020).
6. 6) R. Goda, S. Watanabe & T. Misaka: Sci. Rep., 13, 16348 (2023).

解説

持続可能なバイオ産業のための酵素研究と工学の最新動向  /  ダムナニョヴィッチ ヤスミナ

Page. 249 - 259 (published date : 2025年6月1日)

概要原稿

リファレンス

工業的化学プロセスは，生体触媒を用いた持続可能で効率的なバイオプロセスへと徐々に変化しつつある．本稿では，産業応用を目指した脂質関連酵素開発や，酵素の進化分子工学の最近の動向について紹介する．

1. 1) L. J. Perry & R. Wetzel: Science, 226, 555 (1984).
2. 2) K. Chen & F. H. Arnold: Biotechnology, 9, 1073 (1991).
3. 3) W. P. C. Stemmer: Nature, 370, 389 (1994).
4. 4) M. T. Reetz & J. D. Carballeira: Nat. Protoc., 2, 891 (2007).
5. 5) M. T. Reetz, J. D. Carballeira & A. Vogel: Angew. Chem. Int. Ed., 45, 7745 (2006).
6. 6) M. T. Reetz, L.-W. Wang & M. Bocola: Angew. Chem. Int. Ed., 45, 1236 (2006).
7. 7) J. W. Thornton: Nat. Rev. Genet., 5, 366 (2004).
8. 8) J. Stackhouse, S. R. Presnell, G. M. McGeehan, K. P. Nambiar & S. A. Benner: FEBS Lett., 262, 104 (1990).
9. 9) B. S. Jones, C. M. Ross, G. Foley, N. Pozhydaieva, J. W. Sharratt, N. Kress, L. S. Seibt, R. E. S. Thomson, Y. Gumulya, M. A. Hayes et al.: Angew. Chem. Int. Ed., 63, e202314869 (2024).
10. 10) M. M. Meyer, L. Hochrein & F. H. Arnold: Protein Eng. Des. Sel., 19, 563 (2006).
11. 11) M. M. Meyer, J. J. Silberg, C. A. Voigt, J. B. Endelman, S. L. Mayo, Z.-G. Wang & F. H. Arnold: Protein Sci., 12, 1686 (2003).
12. 12) P. Heinzelman, R. Komor, A. Kanaan, P. Romero, X. Yu, S. Mohler, C. Snow & F. H. Arnold: Protein Eng. Des. Sel., 23, 871 (2010).
13. 13) R. J. Fox, S. C. Davis, E. C. Mundorff, L. M. Newman, V. Gavrilovic, S. K. Ma, L. M. Chung, C. Ching, S. Tam, S. Muley et al.: Nat. Biotechnol., 25, 338 (2007).
14. 14) H. Lu, D. J. Diaz, N. J. Czarnecki, C. Zhu, W. Kim, R. Shroff, D. J. Acosta, B. R. Alexander, H. O. Cole, Y. Zhang et al.: Nature, 604, 662 (2022).
15. 15) M. J. Menke, Y.-F. Ao & U. T. Bornscheuer: ACS Catal., 14, 6462 (2024).
16. 16) A. H.-W. Yeh, C. Norn, Y. Kipnis, D. Tischer, S. J. Pellock, D. Evans, P. Ma, G. R. Lee, J. Z. Zhang, I. Anishchenko et al.: Nature, 614, 774 (2023).
17. 17) L. R. Juneja, T. Kazuoka, T. Yamane & S. Shimizu: Biochim. Biophys. Acta, 960, 334 (1988).
18. 18) L. R. Juneja, T. Kazuoka, N. Goto, T. Yamane & S. Shimizu: Biochim. Biophys. Acta, 1003, 277 (1989).
19. 19) L. R. Juneja, N. Hibi, N. Inagaki, T. Yamane & S. Shimizu: Enzyme Microb. Technol., 9, 350 (1987).
20. 20) A. Masayama, T. Takahashi, K. Tsukada, S. Nishikawa, R. Takahashi, M. Adachi, K. Koga, A. Suzuki, T. Yamane, H. Nakano et al.: ChemBioChem, 9, 974 (2008).
21. 21) J. Damnjanovic, R. Takahashi, A. Suzuki, H. Nakano & Y. Iwasaki: Protein Eng. Des. Sel., 25, 415 (2012).
22. 22) J. Damnjanovic, H. Nakano & Y. Iwasaki: Biotechnol. Bioeng., 111, 674 (2014).
23. 23) J. Damnjanovic, C. Kuroiwa, H. Tanaka, K. Ishida, H. Nakano & Y. Iwasaki: Biotechnol. Bioeng., 113, 62 (2016).
24. 24) M. Muraki, J. Damnjanovic, H. Nakano & Y. Iwasaki: J. Biosci. Bioeng., 122, 276 (2016).
25. 25) A. Samantha, J. Damnjanovic, Y. Iwasaki, H. Nakano & A. Vrielink: Biochem. J., 478, 1749 (2021).
26. 26) A. Inoue, M. Adachi, J. Damnjanovic, H. Nakano & Y. Iwasaki: ChemistrySelect, 1, 4121 (2016).
27. 27) J. Damnjanovic, N. Matsunaga, M. Adachi, H. Nakano & Y. Iwasaki: Eur. J. Lipid Sci. Technol., 120, 1800089 (2018).
28. 28) A. A. Hajeyah, M. B. Protty, D. Paul, D. Costa, N. Omidvar, B. Morgan, Y. Iwasaki, B. McGill, P. V. Jenkins, Z. Yousef et al.: J. Lipid Res., 65, 100484 (2024).
29. 29) R. G. Roberts: PLoS Biol., 13, e1002289 (2015).
30. 30) Y. Nagatsuka, T. Kasama, Y. Ohashi, J. Uzawa, Y. Ono, K. Shimizu & Y. A. Hirabayashi: FEBS Lett., 497, 141 (2001).
31. 31) J. Kaneko, M. O. Kinoshita, T. Machida, Y. Shinoda, Y. Nagatsuka & Y. Hirabayashi: J. Neurochem., 116, 840 (2011).
32. 32) K. Kina, H. Masuda, H. Nakayama, C. Iwahara, Y. Nagatsuka, Y. Hirabayashi, H. Ogawa, K. Takamori & K. Iwabuchi: Inflamm. Regen., 32, 213 (2012).
33. 33) J. Damnjanovic, H. Nakano & Y. Iwasaki: Protein Eng. Des. Sel., 32, 1 (2019).
34. 34) Y. Iwasaki, Y. Sakurai & J. Damnjanovic: Biocatal. Agric. Biotechnol., 26, 101625 (2020).
35. 35) Y. Koga, K. Kato, H. Nakano & T. Yamane: J. Mol. Biol., 331, 585 (2003).
36. 36) N. Nemoto, E. Miyamoto-Sato, Y. Husimi & H. Yanagawa: FEBS Lett., 414, 405 (1997).
37. 37) R. W. Roberts & J. W. Szostak: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 12297 (1997).
38. 38) T. Kondo, Y. Iwatani, K. Matsuoka, T. Fujino, S. Umemoto, Y. Yokomaku, K. Ishizaki, S. Kito, T. Sezaki, G. Hayashi et al.: Sci. Adv., 6, eabd3916 (2020).
39. 39) S. G. Reyes, Y. Kuruma, M. Fujimi, M. Yamazaki, S. Eto, S. Nishikawa, S. Tamaki, A. Kobayashi, R. Mizuuchi, L. Rothschild et al.: Biotechnol. Bioeng., 118, 1702 (2021).
40. 40) T. Terai, H. Anzai & N. Nemoto: ACS Omega, 4, 7378 (2019).
41. 41) W. Ju, C. A. Valencia, H. Pang, Y. Ke, W. Gao, B. Dong & R. Liu: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104, 14294 (2007).
42. 42) I. A. Kozlov, E. R. Thomsen, S. E. Munchel, P. Villegas, P. Capek, A. J. Gower, S. J. K. Pond, E. Chudin & M. S. Chee: PLoS One, 7, e37441 (2012).
43. 43) S. R. Fleming, P. M. Himes, S. V. Ghodge, Y. Goto, H. Suga & A. A. Bowers: J. Am. Chem. Soc., 142, 5024 (2020).
44. 44) M. Griffin, R. Casadio & C. M. Bergamini: Biochem. J., 368, 377 (2002).
45. 45) L. Lorand & R. M. Graham: Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 4, 140 (2003).
46. 46) A. L. C. Gaspar & S. P. de Goes-Favoni: Food Chem., 171, 315 (2015).
47. 47) J. Damnjanovic, N. Odake, J. Fan, M. Camagna, B. Jia, T. Kojima, N. Nemoto, K. Hitomi & H. Nakano: Sci. Rep., 12, 13578 (2022).
48. 48) T. I. K. Munaweera, J. Damnjanovic, M. Camagna, M. Nezu, B. Jia, K. Hitomi, N. Nemoto & H. Nakano: Biosci. Biotechnol. Biochem., 88, 620 (2024).
49. 49) P. Amstutz, J. N. Pelletier, A. Guggisberg, L. Jermutus, S. Cesaro-Tadic, C. Zahnd & A. Pluckthun: J. Am. Chem. Soc., 124, 9396 (2002).
50. 50) R. Skirgaila, V. Pudzaitis, S. Paliksa, M. Vaitkevicius & A. Janulaitis: Protein Eng. Des. Sel., 26, 453 (2013).
51. 51) B. Seelig & J. W. Szostak: Nature, 448, 828 (2007).
52. 52) J. Damnjanovic & H. Nakano: 特許庁，特願2024-210782号（特許出願中）(2024).

温度感受性イオンチャネル・TRPV4による脳機能の調節  /  柴崎 貢志

Page. 260 - 266 (published date : 2025年6月1日)

概要原稿

リファレンス

温度感受性TRPチャネルに属するTRPV4（活性化温度閾値：34°C以上）が脳内温度を介して神経細胞の興奮性を向上させる仕組みを紹介する．さらに，部分てんかん・ストレス性鬱病に注目した研究から，病態領域では局所発熱が生じ，TRPV4を異常活性化することで，病態悪化に関与することを説明する．

1. 1) K. Shibasaki: J. Physiol. Sci., 66, 359 (2016).
2. 2) D. E. Clapham: Nature, 426, 517 (2003).
3. 3) M. Tominaga & M. J. Caterina: J. Neurobiol., 61, 3 (2004).
4. 4) J. D. Levine & N. Alessandri-Haber: Biochim. Biophys. Acta Mol. Basis Dis., 1772, 989 (2007).
5. 5) M. K. Chung, H. Lee & M. J. Caterina: J. Biol. Chem., 278, 32037 (2003).
6. 6) M. J. Caterina, M. A. Schumacher, M. Tominaga, T. A. Rosen, J. D. Levine & D. Julius: Nature, 389, 816 (1997).
7. 7) R. Strotmann, C. Harteneck, K. Nunnenmacher, G. Schultz & T. D. Plant: Nat. Cell Biol., 2, 695 (2000).
8. 8) W. Liedtke, Y. Choe, M. A. Marti-Renom, A. M. Bell, C. S. Denis, Andrejsali, A. J. Hudspeth, J. M. Friedman & S. Heller: Cell, 103, 525 (2000).
9. 9) E. Cao, M. Liao, Y. Cheng & D. Julius: Nature, 504, 113 (2013).
10. 10) N. M. Goldenberg, K. Ravindran & W. M. Kuebler: Naunyn Schmiedebergs Arch. Pharmacol., 388, 421 (2015).
11. 11) D. A. Ryskamp, A. O. Jo, A. M. Frye, F. Vazquez-Chona, N. MacAulay, W. B. Thoreson & D. Krizaj: J. Neurosci., 34, 15689 (2014).
12. 12) H. Watanabe, J. Vriens, J. Prenen, G. Droogmans, T. Voets & B. Nilius: Nature, 424, 434 (2003).
13. 13) H. Watanabe, J. Vriens, S. H. Suh, C. D. Benham, G. Droogmans & B. Nilius: J. Biol. Chem., 277, 47044 (2002).
14. 14) A. D. Guler, H. Lee, T. Iida, I. Shimizu, M. Tominaga & M. Caterina: J. Neurosci., 22, 6408 (2002).
15. 15) K. Shibasaki, M. Suzuki, A. Mizuno & M. Tominaga: J. Neurosci., 27, 1566 (2007).
16. 16) K. Shibasaki: J. Anesth., 30, 1014 (2016).
17. 17) K. Shibasaki, K. Ikenaka, F. Tamalu, M. Tominaga & Y. Ishizaki: J. Biol. Chem., 289, 14470 (2014).
18. 18) H. Matsumoto, S. Sugio, F. Seghers, D. Krizaj, H. Akiyama, Y. Ishizaki, P. Gailly & K. Shibasaki: J. Neurosci., 38, 8745 (2018).
19. 19) K. Shibasaki, M. Tominaga & Y. Ishizaki: Biochem. Biophys. Res. Commun., 458, 168 (2015).
20. 20) K. Shibasaki, S. Sugio, K. Takao, A. Yamanaka, T. Miyakawa, M. Tominaga & Y. Ishizaki: Pflugers Arch., 467, 2495 (2015).
21. 21) Y. Hoshi, K. Okabe, K. Shibasaki, T. Funatsu, N. Matsuki, Y. Ikegaya & R. Koyama: J. Neurosci., 38, 5700 (2018).
22. 22) K. Shibasaki: Lab. Invest., 100, 218 (2020).
23. 23) K. Shibasaki, K. Yamada, H. Miwa, Y. Yanagawa, M. Suzuki, M. Tominaga & Y. Ishizaki: Lab. Invest., 100, 274 (2020).
24. 24) B. R. Miller & R. Hen: Curr. Opin. Neurobiol., 30, 51 (2015).
25. 25) A. Denoth-Lippuner & S. Jessberger: Nat. Rev. Neurosci., 22, 223 (2021).
26. 26) N. L. S. Machado, S. B. G. Abbott, J. M. Resch, L. Zhu, E. Arrigoni, B. B. Lowell, P. M. Fuller, M. A. P. Fontes & C. B. Saper: Curr. Biol., 28, 2291 (2018).
27. 27) N. Kataoka, Y. Shima, K. Nakajima & K. Nakamura: Science, 367, 1105 (2020).
28. 28) Y. Hoshi, K. Shibasaki, P. Gailly, Y. Ikegaya & R. Koyama: Sci. Adv., 7, eabj8080 (2021).

巨大な動物細胞ゲノムはどのように倍加されるのか？  /  竹林 慎一郎

Page. 267 - 273 (published date : 2025年6月1日)

概要原稿

リファレンス

次世代シーケンサーを用いたゲノム網羅的な解析を通して，これまでアプローチの難しかった動物細胞の巨大なゲノムのDNA複製過程について正確な全体像がわかってきた．最新の解析技術とともに，この分野の最近の動向について解説する．

1. 1) D. M. Gilbert, S. I. Takebayashi, S. T. Ryba, J. Lu, B. D. Pope, K. A. Wilson & I. Hiratani: Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol., 75, 143 (2010).
2. 2) S. I. Takebayashi, M. Ogata & K. Okumura: Genes (Basel), 8, 110 (2017).
3. 3) I. Hiratani, T. Ryba, M. Itoh, J. Rathjen, M. Kulik, B. Papp, E. Fussner, D. P. Bazett-Jones, K. Plath, S. Dalton et al.: Genome Res., 20, 155 (2010).
4. 4) J. C. Rivera-Mulia, Q. Buckley, T. Sasaki, J. Zimmerman, R. A. Didier, K. Nazor, J. F. Loring, Z. Lian, S. Weissman, A. J. Robins et al.: Genome Res., 25, 1091 (2015).
5. 5) T. Ryba, I. Hiratani, T. Sasaki, D. Battaglia, M. Kulik, J. Zhang, S. Dalton & D. M. Gilbert: PLOS Comput. Biol., 7, e1002225 (2011).
6. 6) T. Hayakawa, A. Yamamoto, T. Yoneda, S. Hori, N. Okochi, K. Kagotani, K. Okumura & S. I. Takebayashi: J. Cell Sci., 136, jcs260778 (2023).
7. 7) T. Yokochi, K. Poduch, T. Ryba, J. Lu, I. Hiratani, M. Tachibana, Y. Shinkai & D. M. Gilbert: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 106, 19363 (2009).
8. 8) S. Takebayashi, I. Lei, T. Ryba, T. Sasaki, V. Dileep, D. Battaglia, X. Gao, P. Fang, Y. Fan, M. A. Esteban et al.: Epigenetics Chromatin, 6, 42 (2013).
9. 9) S. I. Takebayashi, T. Ryba, K. Wimbish, T. Hayakawa, M. Sakaue, K. Kuriya, S. Takahashi, S. Ogata, I. Hiratani, K. Okumura et al.: Cells, 10, 266 (2021).
10. 10) J. Sima, A. Chakraborty, V. Dileep, M. Michalski, K. N. Klein, N. P. Holcomb, J. L. Turner, M. T. Paulsen, J. C. Rivera-Mulia, C. Trevilla-Garcia et al.: Cell, 176, 816 (2019).
11. 11) C. A. Muller & C. A. Nieduszynski: J. Cell Biol., 216, 1907 (2017).
12. 12) Y. Voichek, R. Bar-Ziv & N. Barkai: Science, 351, 1087 (2016).
13. 13) J. Zhang, F. Xu, T. Hashimshony, I. Keshet & H. Cedar: Nature, 420, 198 (2002).
14. 14) R. Somech, S. Shaklai, O. Geller, N. Amariglio, A. J. Simon, G. Rechavi & E. N. Gal-Yam: J. Cell Sci., 118, 4017 (2005).
15. 15) I. Hiratani, S. Takebayashi, J. Lu & D. M. Gilbert: Curr. Opin. Genet. Dev., 19, 142 (2009).
16. 16) R. L. Hannibal, E. B. Chuong, J. C. Rivera-Mulia, D. M. Gilbert, A. Valouev & J. C. Baker: PLoS Genet., 10, e1004290 (2014).
17. 17) S. I. Takebayashi, S. Ogata, M. Ogata & K. Okumura: Biosci. Biotechnol. Biochem., 82, 2098 (2018).
18. 18) C. Marchal, T. Sasaki, D. Vera, K. Wilson, J. Sima, J. C. Rivera-Mulia, C. Trevilla-Garcia, C. Nogues, E. Nafie & D. M. Gilbert: Nat. Protoc., 13, 819 (2018).
19. 19) S. Takahashi, H. Miura, T. Shibata, K. Nagao, K. Okumura, M. Ogata, C. Obuse, S. I. Takebayashi & I. Hiratani: Nat. Genet., 51, 529 (2019).
20. 20) H. Miura, S. Takahashi, T. Shibata, K. Nagao, C. Obuse, K. Okumura, M. Ogata, I. Hiratani & S. I. Takebayashi: Nat. Protoc., 15, 4058 (2020).
21. 21) C. Chen, D. Xing, L. Tan, H. Li, G. Zhou, L. Huang & X. S. Xie: Science, 356, 189 (2017).
22. 22) S. Takahashi, H. Kyogoku, T. Hayakawa, H. Miura, A. Oji, Y. Kondo, S. I. Takebayashi, T. S. Kitajima & I. Hiratani: Nature, 633, 686 (2024).
23. 23) M. Sakamoto, S. Hori, A. Yamamoto, T. Yoneda, K. Kuriya & S. I. Takebayashi: Cytogenet. Genome Res., 162, 161 (2022).

実験進化から迫る遺伝子誕生の初期プロセス  /  畑 貴之, 川口 晃平, 佐藤 壮一郎, 松尾 充啓, 小保方 潤一

Page. 274 - 280 (published date : 2025年6月1日)

概要原稿

リファレンス

De novo転写とは筆者らの発見した新しいタイプの転写様式であり，タンパク質のコード配列自体がその上流近傍からの転写を誘導する．De novo転写と遺伝子の新生やゲノム進化との関係について概説する．

1. 1) T. Hata, S. Satoh, N. Takada, M. Matsuo & J. Obokata: Mol. Biol. Evol., 38, 2791 (2021).
2. 2) T. Hata, N. Takada, C. Hayakawa, M. Kazama, T. Uchikoba, M. Tachikawa, M. Matsuo, S. Satoh & J. Obokata: PLoS One, 16, e0252674 (2021).
3. 3) H. Kudo, M. Matsuo, S. Satoh, T. Hata, R. Hachisu, M. Nakamura, Y. Y. Yamamoto, H. Kimura, M. Matsui & J. Obokata: Plant J., 108, 29 (2021).
4. 4) H. Kaessmann: Genome Res., 20, 1313 (2010).
5. 5) M. Cardoso-Moreira & M. Long: Methods Mol. Biol., 856, 161 (2012).
6. 6) D. J. Begun, H. A. Lindfors, M. E. Thompson & A. K. Holloway: Genetics, 172, 1675 (2006).
7. 7) A. R. Carvunis, T. Rolland, I. Wapinski, M. A. Calderwood, M. A. Yildirim, N. Simonis, B. Charloteaux, C. A. Hidalgo, J. Barbette, B. Santhanam et al.: Nature, 487, 370 (2012).
8. 8) D. N. Murphy & A. McLysaght: PLoS One, 7, e48650 (2012).
9. 9) W. Xiao, H. Liu, Y. Li, X. Li, C. Xu, M. Long & S. Wang: PLoS One, 4, e4603 (2009).
10. 10) E. Durand, I. Gagnon-Arsenault, J. Hallin, I. Hatin, A. K. Dube, L. Nielly-Thibault, O. Namy & C. R. Landry: Genome Res., 29, 932 (2019).
11. 11) P. S. Springer: Plant Cell, 12, 1007 (2000).
12. 12) P. R. Fobert, H. Labbe, J. Cosmopoulos, S. Gottlob-McHugh, T. Ouellet, J. Hattori, G. Sunohara, V. N. Iyer & B. L. Miki: Plant J., 6, 567 (1994).
13. 13) B. Stangeland, R. Nestestog, P. E. Grini, N. Skrbo, A. Berg, Z. Salehian, A. Mandal & R. B. Aalen: J. Exp. Bot., 56, 2495 (2005).
14. 14) Y. Y. Yamamoto, Y. Tsuhara, K. Gohda, K. Suzuki & M. Matsui: Plant J., 35, 273 (2003).
15. 15) S. Satoh, T. Hata, N. Takada, M. Tachikawa, M. Matsuo, S. Kushnir & J. Obokata: bioRxiv, 2020.11.28.401992 (2020).
16. 16) T. Hata, K. Mukae, S. Satoh, M. Matsuo & J. Obokata: Plant Biotechnol. (Tokyo), 38, 179 (2021).
17. 17) L. Zhang, Y. Ren, T. Yang, G. Li, J. Chen, A. R. Gschwend, Y. Yu, G. Hou, J. Zi, R. Zhou et al.: Nat. Ecol. Evol., 3, 679 (2019).
18. 18) A. McLysaght & L. D. Hurst: Nat. Rev. Genet., 17, 567 (2016).
19. 19) J. F. Schmitz & E. Bornberg-Bauer: F1000 Res., 6, 57 (2017).
20. 20) R. Andersson, A. Sandelin & C. G. Danko: Trends Genet., 31, 426 (2015).
21. 21) V. Haberle & A. Stark: Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 19, 621 (2018).
22. 22) K. Kawaguchi, M. Kazama, T. Hata, M. Matsuo, J. Obokata & S. Satoh: Plant Cell Physiol., 65, 142 (2024).
23. 23) W. Wei, Z. Ba, M. Gao, Y. Wu, Y. Ma, S. Amiard, C. I. White, J. M. Rendtlew Danielsen, Y. G. Yang & Y. Qi: Cell, 149, 101 (2012).
24. 24) K. M. Michalik, R. Bottcher & K. Forstemann: Nucleic Acids Res., 40, 9596 (2012).
25. 25) F. Michelini, S. Pitchiaya, V. Vitelli, S. Sharma, U. Gioia, F. Pessina, M. Cabrini, Y. Wang, I. Capozzo, F. Iannelli et al.: Nat. Cell Biol., 19, 1400 (2017).
26. 26) F. Bonath, J. Domingo-Prim, M. Tarbier, M. R. Friedlander & N. Visa: Nucleic Acids Res., 46, 11869 (2018).
27. 27) K. Kawaguchi, S. Satoh & J. Obokata: Genes Cells, 29, 681 (2024).
28. 28) T. Schreiber, S. Tripathee, T. Iwen, A. Prange, K. Vahabi, R. Grutzner, C. Horn, S. Marillonnet & A. Tissier: bioRxiv, 2022.05.11.491484 (2022).
29. 29) R. Bottcher, I. Schmidts, V. Nitschko, P. Duric & K. Forstemann: RNA Biol., 19, 68 (2022).

腸内細菌の代謝産物を介した微生物間相互作用  /  坂本 光央

Page. 281 - 287 (published date : 2025年6月1日)

概要原稿

リファレンス

ヒト腸内には多種多様な細菌が生息している．本稿では，コハク酸などの腸内細菌の代謝産物を介した微生物間相互作用を中心に解説し，腸内に存在するマイナーな細菌の生存戦略を紹介する．

1. 1) J. C. Lagier, S. Khelaifia, M. T. Alou, S. Ndongo, N. Dione, P. Hugon, A. Caputo, F. Cadoret, S. I. Traore, E. H. Seck et al.: Nat. Microbiol., 1, 16203 (2016).
2. 2）坂本光央：Microb. Resour. Syst., 39, 3 (2023).
3. 3）坂本光央：Microbiol. Cult. Coll., 23, 1 (2007).
4. 4) T. Del Dot, R. Osawa & E. Stackebrandt: Syst. Appl. Microbiol., 16, 380 (1993).
5. 5) F. Wu, X. Guo, J. Zhang, M. Zhang, Z. Ou & Y. Peng: Exp. Ther. Med., 14, 3122 (2017).
6. 6) M. Sakamoto, N. Ikeyama, A. Toyoda, T. Murakami, H. Mori, T. Iino & M. Ohkuma: Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 70, 589 (2020).
7. 7) N. Ikeyama, T. Murakami, A. Toyoda, H. Mori, T. Iino, M. Ohkuma & M. Sakamoto: MicrobiologyOpen, 9, e1111 (2020).
8. 8) M. Sakamoto, N. Ikeyama, T. Iino & M. Ohkuma: Anaerobe, 77, 102642 (2022).
9. 9) J. Qin, R. Li, J. Raes, M. Arumugam, K. S. Burgdorf, C. Manichanh, T. Nielsen, N. Pons, F. Levenez, T. Yamada et al.: Nature, 464, 59 (2010).
10. 10) Y. Ogata, W. Suda, N. Ikeyama, M. Hattori, M. Ohkuma & M. Sakamoto: Microbiol. Resour. Announc., 8, e01487-18 (2019).
11. 11) P. Das, B. Ji, P. Kovatcheva-Datchary, F. Backhed & J. Nielsen: PLoS One, 13, e0195161 (2018).
12. 12) S. H. Duncan, P. Louis, J. M. Thomson & H. J. Flint: Environ. Microbiol., 11, 2112 (2009).
13. 13) P. Lu, D. Ma, Y. Chen, Y. Guo, G. Q. Chen, H. Deng & Y. Shi: Cell Res., 23, 635 (2013).
14. 14) E. Pennacchietti, C. D'Alonzo, L. Freddi, A. Occhialini & D. De Biase: Front. Microbiol., 9, 2869 (2018).
15. 15) N. Reichardt, S. H. Duncan, P. Young, A. Belenguer, C. M. Leitch, K. P. Scott, H. J. Flint & P. Louis: ISME J., 8, 1323 (2014).
16. 16) P. Louis & H. J. Flint: Environ. Microbiol., 19, 29 (2017).
17. 17) D. Caspari & J. M. Macy: Arch. Microbiol., 135, 16 (1983).
18. 18) H. J. Strobel: Appl. Environ. Microbiol., 58, 2331 (1992).
19. 19) S. Magnusdottir, D. Ravcheev, V. de Crecy-Lagard & I. Thiele: Front. Genet., 6, 148 (2015).
20. 20) P. H. Janssen: Arch. Microbiol., 157, 442 (1992).
21. 21) P. Dimroth: Microbiol. Rev., 51, 320 (1987).
22. 22) W. Hilpert & P. Dimroth: Nature, 296, 584 (1982).
23. 23) B. Schink & N. Pfennig: Arch. Microbiol., 133, 209 (1982).
24. 24) P. Dimroth & B. Schink: Arch. Microbiol., 170, 69 (1998).
25. 25) W. Hilpert, B. Schink & P. Dimroth: EMBO J., 3, 1665 (1984).
26. 26) Y. Tanaka & Y. Benno: Microbiol. Immunol., 59, 63 (2015).
27. 27）久富　敦，大熊盛也，坂本光央：Microb. Resour. Syst., 40, 39 (2024).
28. 28) D. Wylensek, T. C. A. Hitch, T. Riedel, A. Afrizal, N. Kumar, E. Wortmann, T. Liu, S. Devendran, T. R. Lesker, S. B. Hernandez et al.: Nat. Commun., 11, 6389 (2020).
29. 29) M. Sakamoto, A. Hisatomi & M. Ohkuma: Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 74, 006381 (2024).
30. 30) E. Hosseini, C. Grootaert, W. Verstraete & T. Van de Wiele: Nutr. Rev., 69, 245 (2011).
31. 31) H. Nagao-Kitamoto, J. L. Leslie, S. Kitamoto, C. Jin, K. A. Thomsson, M. G. Gilliland III, P. Kuffa, Y. Goto, R. R. Jeng, C. Ishii et al.: Nat. Med., 26, 608 (2020).

付録

和文誌編集委員  / 

Page. 0 - 0 (published date : 2025年6月1日)

概要原稿

リファレンス