1) J. C. D'Auria: Curr. Opin. Plant Biol., 9, 331 (2006).
2) L. H. Kruse, A. T. Weigle, M. Irfan, J. Martinez-Gomez, J. D. Chobirko, J. E. Schaffer, A. A. Bennett, C. D. Specht, J. M. Jez, D. Shukla, et al.: Plant J., 111, 1453 (2022).
3) PhycoCosm: The Algal Genomics Resource of Department of Energy Joint Genome Institute, https://mycocosm.jgi.doe.gov/mycocosm/annotations/browser/pfam/summary;WHymzp?p=Chabra1, 2022.
4) T. M. Haslam & L. Kunst: Plant Cell Physiol., 61, 2126 (2020).
5) K. Ogawa, K. Murota, H. Shimura, M. Furuya, Y. Togawa, T. Matsumura & C. Masuta: BMC Plant Biol., 15, 93 (2015).
6) L. Kriegshauser, S. Knosp, E. Grienenberger, K. Tatsumi, D. D. Gutle, I. Sorensen, L. Herrgott, J. Zumsteg, J. K. C. Rose, R. Reski et al.: Plant Cell, 33, 1472 (2021).
1) E. V. Koonin: Annu. Rev. Genet., 39, 309 (2005).
2) D. M. Emms & S. Kelly: Genome Biol., 20, 238 (2019).
3) A. M. Altenhoff, J. Levy, M. Zarowiecki, B. Tomiczek, A. W. Vesztrocy, D. A. Dalquen, S. Muller, M. J. Telford, N. M. Glover, D. Dylus et al.: Genome Res., 29, 1152 (2019).
4) D. M. Kristensen, Y. I. Wolf, A. R. Mushegian & E. V. Koonin: Brief. Bioinform., 12, 379 (2011).
5) T. Horiike, R. Minai, D. Miyata, Y. Nakamura & Y. Tateno: Genome Biol. Evol., 8, 446 (2016).
6) T. Watanabe, A. Kure & T. Horiike: Genome Biol. Evol., 15, evad026 (2023).
7) C. Zhang, R. Maryam, S. Erfan & M. Siavash: BMC Bioinformatics, 19, 153 (2018).
1) M. Kobayashi, T. Tomita, K. Shin-ya, M. Nishiyama & T. Kuzuyama: Angew. Chem. Int. Ed., 58, 13349 (2019).
2) M. Kobayashi & T. Kuzuyama: Biomolecules, 10, 1147 (2020).
3) J. Winkelblech, A. Fan & S. M. Li: Appl. Microbiol. Biotechnol., 99, 7379 (2015).
4) R. Nagata, H. Suemune, M. Kobayashi, T. Shinada, K. Shin-ya, M. Nishiyama, T. Hino, Y. Sato, T. Kuzuyama & S. Nagano: Angew. Chem. Int. Ed., 61, e202217430 (2022).
5) Y. Shen, L. Zhang, M. Yang, T. Shi, Y. Li, L. Li, Y. Yu, H. Deng, H. Lin & Y. Zhou: ACS Chem. Biol., 18, 123 (2023).
7) T. Amano, S. Takada, M. Miura, K. Ishida & K. Oshima: Nippon Shokuhin Kagaku Kogaku Kaishi, 44, 93 (1997).
8) X. Zhang, R. Li, H. Kang, D. Luo, J. Fan, W. Zhu, X. Liu & Q. Tong: PLoS One, e0190180 (2017).
9) R. Sumida, S. Kishishita, A. Yasuda, M. Miyata, A. Mizote, T. Yamamoto, H. Mitsuzumi, H. Aga, K. Yamamoto & K. Kawai: Biosci. Biotechnol. Biochem., 85, 1746 (2021).
11) H. Aga, T. Nishimoto, M. Kuniyoshi, K. Maruta, H. Yamashita, T. Higashiyama, T. Nakada, M. Kubota, S. Fukuda, M. Kurimoto et al.: J. Biosci. Bioeng., 95, 215 (2003).
12) T. Hashimoto, M. Kurose, K. Oku, T. Nishimoto, H. Chaen, S. Fukuda & Y. Tsujisaka: J. Appl. Glycosci., 53, 233 (2006).
13) K. Hino, M. Kurose, T. Sakurai, S. Inoue, K. Oku, H. Chaen, K. Kohno & S. Fukuda: Biosci. Biotechnol. Biochem., 70, 2481 (2006).
17) A. Yasuda, A. Mizote, M. Miyata, M. Kurose, T. Ogawa, T. Sadakiyo, S. Uchida, T. Yamamoto, H. Mitsuzumi, H. Aga et al.: Biosci. Biotechnol. Biochem., 86, 780 (2022).
1) E. Sackmann & R. Bruinsma: ChemPhysChem, 3, 262 (2002).
2) L. Limozin & K. Sengupta: ChemPhysChem, 10, 2752 (2009).
3) T. Matsuzaki, K. Ito, K. Masuda, E. Kakinuma, R. Sakamoto, K. Iketaki, H. Yamamoto, M. Suganuma, N. Kobayashi, S. Nakabayashi et al.: J. Phys. Chem. B, 120, 1221 (2016).
4) A. J. Engler, S. Sen, H. L. Sweeney & D. E. Discher: Cell, 126, 677 (2006).
5) T. Matsuzaki, G. Sazaki, M. Suganuma, T. Watanabe, T. Yamazaki, M. Tanaka, S. Nakabayashi & H. Y. Yoshikawa: J. Phys. Chem. Lett., 5, 253 (2014).
6) T. Takebe, M. Enomura, E. Yoshizawa, M. Kimura, H. Koike, Y. Ueno, T. Matsuzaki, T. Yamazaki, T. Toyohara, K. Osafune et al.: Cell Stem Cell, 16, 556 (2015).
7) T. Matsuzaki, Y. Shimokawa, H. Koike, M. Kimura, Y. Kawano, N. Okuma, T. Takebe & H. Y. Yoshikawa: iScience, 25, 105109 (2022).
8) D. Terutsuki, H. Mitsuno, T. Sakurai, Y. Okamoto, A. Tixier-Mita, H. Toshiyoshi, Y. Mita & R. Kanzaki: R. Soc. Open Sci., 5, 172366 (2018).
9) D. Terutsuki, T. Uchida, C. Fukui, Y. Sukekawa, Y. Okamoto & R. Kanzaki: J. Vis. Exp., 174, e62895 (2021).
10) T. Matsuzaki, D. Terutsuki, S. Sato, K. Ikarashi, K. Sato, H. Mitsuno, H. Y. Yoshikawa & R. Kanzaki: J. Phys. Chem. Lett., 13, 9494 (2022).
23) K. Kaneko, Y. Watanabe, K. Kimura, K. Matsumoto, T. Mizobuchi & M. Onoue: Biosci. Biotechnol. Biochem., 78, 100 (2014).
24) J. Jumper, R. Evans, A. Pritzel, T. Green, M. Figurnov, O. Ronneberger, K. Tunyasuvunakool, R. Bates, A. Zidek, A. Potapenko et al.: Nature, 596, 583 (2021).
25) G. R. Gibson & M. B. Roberfroid: J. Nutr., 125, 1401 (1995).
3) L. Arora & A. Narula: Front. Plant Sci., 8, 1932 (2017).
4) S. Nonaka, C. Arai, M. Takayama, C. Matsukura & H. Ezura: Sci. Rep., 7, 7057 (2017).
5) M. Hrouda & J. Paszkowski: Mol. Gen. Genet., 243, 106 (1994).
6) R. Offringa, M. J. de Groot, H. J. Haagsman, M. P. Does, P. J. van den Elzen & P. J. Hooykaas: EMBO J., 9, 3077 (1990).
7) M. E. Gallego, P. Sirand-Pugnet & C. I. White: Plant Mol. Biol., 39, 83 (1999).
8) H. Puchta: Plant Mol. Biol., 48, 173 (2002).
9) R. Terada, H. Urawa, Y. Inagaki, K. Tsugane & S. Iida: Nat. Biotechnol., 20, 1030 (2002).
10) R. Terada, Y. Johzuka-Hisatomi, M. Saitoh, H. Asao & S. Iida: Plant Physiol., 144, 846 (2007).
11) A. Ono, K. Yamaguchi, S. Fukada-Tanaka, R. Terada, T. Mitsui & S. Iida: Plant J., 71, 564 (2012).
12) T. Yamauchi, Y. Johzuka-Hisatomi, S. Fukada-Tanaka, R. Terada, I. Nakamura & S. Iida: Plant J., 60, 386 (2009).
13) T. Yamauchi, Y. Johzuka-Hisatomi, R. Terada, I. Nakamura & S. Iida: Plant Mol. Biol., 85, 219 (2014).
14) A. Nishizawa-Yokoi, S. Nonaka, K. Osakabe, H. Saika & S. Toki: Plant Physiol., 169, 362 (2015).
15) M. Endo, S. Iwakami & S. Toki: Plant Biotechnol. J., 19, 563 (2020).
16) N. Ohtsuki, K. Kizawa, A. Mori, A. Nishizawa-Yokoi, T. Komatsuda, H. Yoshida, K. Hayakawa, S. Toki & H. Saika: Front. Genome Editing, 2, 617713 (2021).
17) A. Nishizawa-Yokoi, M. Endo, K. Osakabe, H. Saika & S. Toki: Plant J., 77, 454 (2014).
18) A. Nishizawa-Yokoi, M. Endo, N. Ohtsuki, H. Saika & S. Toki: Plant J., 81, 160 (2015).
19) A. Nishizawa-Yokoi, R. Motoyama, T. Tanaka, A. Mori, K. Iida & S. Toki: Plant Physiol., in press.
20) Y. G. Kim, J. Cha & S. Chandrasegaran: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 1156 (1996).
21) M. Christian, T. Cermak, E. L. Doyle, C. Schmidt, F. Zhang, A. Hummel, A. J. Bogdanove & D. F. Voytas: Genetics, 186, 757 (2010).
22) L. Cong, F. A. Ran, D. Cox, S. Lin, R. Barretto, N. Habib, P. D. Hsu, X. Wu, W. Jiang, L. A. Marraffini et al.: Science, 339, 819 (2013).
23) P. Mali, L. Yang, K. M. Esvelt, J. Aach, M. Guell, J. E. DiCarlo, J. E. Norville & G. M. Church: Science, 339, 823 (2013).
24) D. Miki, R. Wang, J. Li, D. Kong, L. Zhang & J.-K. Zhu: Plant Cell Physiol., 62, 752 (2021).
25) F. Fauser, N. Roth, M. Pacher, G. Ilg, R. Sanchez-Fernandez, C. Biesgen & H. Puchta: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 109, 7535 (2012).
26) F. Wolter, J. Klemm & H. Puchta: Plant J., 94, 735 (2018).
27) P. Schindele, L. Merker, T. Schreiber, A. Prange, A. Tissier & H. Puchta: Plant Biotechnol. J., in press.
28) F. Wolter & H. Puchta: Plant J., 100, 1083 (2019).
29) S. Schiml, F. Fauser & H. Puchta: Plant J., 80, 1139 (2014).
30) M. Endo, M. Mikami & S. Toki: Plant Physiol., 170, 667 (2016).
31) T.-K. Huang, B. Armstrong, P. Schindele & H. Puchta: Plant Biotechnol. J., 19, 1314 (2021).
32) A. Nishizawa-Yokoi, M. Mikami & S. Toki: Front. Genome Editing, 2, 604289 (2020).
33) N. V. Permyakova, T. V. Marenkova, P. A. Belavin, A. A. Zagorskaya, Y. V. Sidorchuk, E. A. Uvarova, V. V. Kuznetsov, S. M. Rozov & E. V. Deineko: Cells, 10, 2137 (2021).
34) Z. Zhengjing, Z. Wenjie, Z. Wenxin, L. Jing, K. Dali, Z. Lei, W. Rui, P. Fangnan, K. Zhe, K. Yongping et al.: Plant Physiol., 190, 2203 (2022).
35) T. V. Vu, D. T. H. Doan, M. T. Tran, Y. W. Sung, Y. J. Song & J.-Y. Kim: Front. Plant Sci., 12, 722552 (2021).
36) Y. I. Kwon, K. Abe, K. Osakabe, M. Endo, A. Nishizawa-Yokoi, H. Saika, H. Shimada & S. Toki: Plant Cell Physiol., 53, 2142 (2012).
37) A. Nishizawa-Yokoi, S. Nonaka, H. Saika, Y. I. Kwon, K. Osakabe & S. Toki: New Phytol., 196, 1048 (2012).
38) A. Nishizawa-Yokoi, H. Saika, N. Hara, L. Y. Lee, S. Toki & S. B. Gelvin: New Phytol., 299, 2859 (2020).
39) 池上正人:化学と生物41, 311 (2003).
40) Y. Peretz, R. Mozes-Koch, F. Akad, E. Tanne, H. Czosnek & I. Sela: Plant Physiol., 145, 1251 (2007).
41) N. J. Baltes, J. Gil-Humanes, T. Cermak, P. A. Atkins & D. F. Voytas: Plant Cell, 26, 151 (2014).
42) F. Hahn, M. Eisenhut, O. Mantegazza & A. P. M. Weber: Front Plant Sci, 9, 424 (2018).
43) T. Cermak, N. J. Baltes, R. Cegan, Y. Zhang & D. F. Voytas: Genome Biol., 16, 232 (2015).
44) T. Dahan-Meir, S. Filler-Hayut, C. Melamed-Bessudo, S. Bocobza, H. Czosnek, A. Aharoni & A. A. Levy: Plant J., 95, 5 (2018).
45) N. M. Butler, N. J. Baltes, D. F. Voytas & D. S. Douches: Front Plant Sci, 7, 1045 (2016).
46) A. W. Hummel, R. D. Chauhan, T. Cermak, A. M. Mutka, A. Vijayaraghavan, A. Boyher, C. G. Starker, R. Bart, D. F. Voytas & N. J. Taylor: Plant Biotechnol. J., 16, 1275 (2018).
47) M. Wang, Y. Lu, J. R. Botella, Y. Mao, K. Hua & J. K. Zhu: Mol. Plant, 10, 1007 (2017).
48) J. Gil-Humanes, Y. Wang, Z. Liang, Q. Shan, C. V. Ozuna, S. Sanchez-Leon, N. J. Baltes, C. Starker, F. Barro, C. Gao et al.: Plant J., 89, 1251 (2017).
49) B. Li, C. Fu, J. Zhou, F. Hui, Q. Wang, F. Wang, W. Guanying, X. Zhongping, C. Lianlian, Y. Daojun et al.: Cells, 11, 2902 (2022).
50) E. J. Aird, K. N. Lovendahl, A. St Martin, R. S. Harris & W. R. Gordon: Commun. Biol., 1, 54 (2018).
51) S. Li, J. Li, Y. He, M. Xu, J. Zhang, W. Du, Y. Zhao & L. Xia: Nat. Biotechnol., 37, 445 (2019).
52) K. Nishida, T. Arazoe, N. Yachie, S. Banno, M. Kakimoto, M. Tabata, M. Mochizuki, A. Miyabe, M. Araki, Y. H. Kiyotaka et al.: Science, 353, 1248 (2016).
53) N. M. Gaudelli, A. C. Komor, H. A. Rees, M. S. Packer, A. H. Badran, D. I. Bryson & D. R. Liu: Nature, 551, 464 (2017).
54) A. V. Anzalone, P. B. Randolph, J. R. Davis, A. A. Sousa, L. W. Koblan, J. M. Levy, P. J. Chen, C. Wilson, G. A. Newby, A. Raguram et al.: Nature, 576, 149 (2019).
55) J. Shi, H. Gao, H. Wang, H. R. Lafitte, R. L. Archibald, M. Yang, S. M. Hakimi, H. Mo & J. E. Habben: Plant Biotechnol. J., 15, 207 (2017).
56) S. Filler-Hayut, K. Kniazev, C. Melamed-Bessudo & A. A. Levy: Int. J. Mol. Sci., 22, 12096 (2021).
57) S. Filler-Hayut, C. Melamed Bessudo & A. A. Levy: Nat. Commun., 8, 15605 (2017).
58) I. Ben Shlush, A. Samach, C. Melamed-Bessudo, D. Ben-Tov, T. Dahan-Meir, S. Filler-Hayut & A. A. Levy: Genes, 12, 59 (2021).
1) H. I. Kim, T. Kisugi, P. Khetkam, X. Xie, K. Yoneyama, K. Uchida, T. Yokota, T. Nomura, C. S. P. McErlean & K. Yoneyama: Phytochemistry, 103, 85 (2014).
2) J. L. von Salm, N. G. Wilson, B. A. Vesely, D. E. Kyle, J. Cuce & B. J. Baker: Org. Lett., 16, 2630 (2014).
3) S.-X. Huang, R.-T. Li, J.-P. Liu, Y. Lu, Y. Chang, C. Lei, W.-L. Xiao, L.-B. Yang, Q.-T. Zheng & H.-D. Sun: Org. Lett., 9, 2079 (2007).
1) M. Peacock: Clin. J. Am. Soc. Nephrol., 5, S23 (2010).
2) J. L. Shaker & L. Deftos: Endotext [Internet], South Dartmouth: MDText.com, Inc., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279023/
3) G. D. de Barboza, S. Guizzardi & N. T. de Talamoni: World J. Gastroenterol., 21, 7142 (2015).
4) C. Prot-Bertoye & P. Houillier: Genes, 11, 290 (2020).
5) M. B. Moor & O. Bonny: Am. J. Physiol. Renal Physiol., 310, F1337 (2016).
6) A. Papadopoulou, E. Bountouvi & F. E. Karachaliou: Genes, 12, 734 (2021).
7) J. C. Fleet: Mol. Cell. Endocrinol., 453, 36 (2017).
8) Y. Taketani, F. Koiwa & K. Yokoyama: Clin. Exp. Nephrol., 21, 27 (2017).
9) M. Peacock: Calcif. Tissue Int., 108, 3 (2021).
10) I. Kaneko, S. Tatsumi, H. Segawa & K. Miyamoto: Clin. Exp. Nephrol., 21, 21 (2017).
11) S. N. Fishbane & S. Nigwekar: Kidney Med., 3, 1057 (2021).
12) A. J. King, M. Siegel, Y. He, B. Nie, J. Wang, S. Koo-McCoy, N. A. Minassian, Q. Jafri, D. Pan, J. Kohler et al.: Sci. Transl. Med., 10, eaam6474 (2018).
13) K. Miyamoto, H. Segawa, M. Ito & M. Kuwahata: Jpn. J. Physiol., 54, 93 (2004).
14) H. Segawa, Y. Shiozaki, I. Kaneko & K. Miyamoto: J. Nutr. Sci. Vitaminol., 61, S119 (2015).
15) L. Figueres, S. Beck-Cormier, L. Beck & J. Marks: Int. J. Mol. Sci., 22, 5701 (2021).
16) K. Miyamoto, M. Ito, M. Kuwahata, S. Kato & H. Segawa: Ther. Apher. Dial., 9, 331 (2005).
17) M. Courbebaisse & B. Lanske: Cold Spring Harb. Perspect. Med., 8, a031260 (2018).
18) L. Bar, C. Stournaras, F. Lang & M. Foller: FEBS Lett., 593, 1879 (2019).
19) M. Kuro-o: Clin. Sci. (Lond.), 135, 1915 (2021).
20) A. R. Chang, M. Lazo, L. J. Appel, O. M. Gutierrez & M. E. Grams: Am. J. Clin. Nutr., 99, 320 (2014).