1) G. Ejeta: Integrating New Technologies for Striga Control: Towards Ending the Witch-Hunt, 3 (2007).
2) X. Xie, K. Yoneyama & K. Yoneyama: Annu. Rev. Phytopathol., 48, 93 (2010).
3) S. Lumba, D. Holbrook-Smith & P. McCourt: Nat. Chem. Biol., 13, 599 (2017).
4) S. Toh, D. Holbrook-Smith, P. J. Stogios, O. Onopriyenko, S. Lumba, Y. Tsuchiya, A. Savchenko & P. McCourt: Science, 350, 203 (2015).
5) D. Uraguchi, K. Kuwata, Y. Hijikata, R. Yamaguchi, H. Imaizumi, A. M. Sathiyanarayanan, C. Rakers, N. Mori, K. Akiyama, S. Irle et al.: Science, 362, 1301 (2018).
1) J. L. Goldstein, R. A. DeBose-Boyd & M. S. Brown: Cell, 124, 35 (2006).
2) S. Christakos, P. Dhawan, A. Verstuyf, L. Verlinden & G. Carmeliet: Physiol. Rev., 96, 365 (2016).
3) L. Asano, M. Watanabe, Y. Ryoden, K. Usuda, T. Yamaguchi, B. Khambu, M. Takashima, S. I. Sato, J. Sakai, K. Nagasawa et al.: Cell Chem. Biol., 24, 207 (2017).
4) A. Nagata, Y. Akagi, L. Asano, K. Kotake, F. Kawagoe, A. Mendoza, S. S. Masoud, K. Usuda, K. Yasui, Y. Takemoto et al.: ACS Chem. Biol., 14, 2851 (2019).
2) J. B. Zhou, C. Y. Wang, H. Zhang, F. Dong, X. F. Zheng, W. Gale & S. X. Li: Field Crops Res., 122, 157 (2011).
3) M. Kimura: (2000) Anaerobic microbiology in waterlogged rice fields. In Soil Biochemistry vol. 10, Bollarg JM, Stotzky G. (eds.) New York: Marcel Dekker, pp. 35-138.
4) 久馬一剛:1994. 農土誌,62, 7 (1944).
5) S. Ishii, S. Ikeda, K. Minamisawa & K. Senoo: Microbes Environ., 26, 282 (2011).
6) R. I. Amann, W. Ludwig & K. H. Schleifer: Microbiol. Rev., 59, 143 (1995).
7) S. Hong, J. Bunge, C. Leslin, S. Jeon & S. S. Epstein: ISME J., 3, 1365 (2009).
8) C. M. Jones, D. R. Graf, D. Bru, L. Phillippot & S. Hallin: ISME J., 7, 417 (2012).
9) Y. Masuda, H. Itoh, Y. Shiratori, K. Isobe, S. Otsuka & K. Senoo: Microbes Environ., 32, 180 (2017).
10) Y. Masuda, H. Itoh, Y. Shiratori & K. Senoo: Soil Sci. Plant Nutr., 64, 455 (2018).
11) L. M. Rubio & P. W. Ludden: J. Bacteriol., 187, 405 (2005).
12) 辻村茂男:“新・土の微生物(7)生態的に見た土の原生動物・藻類”,土壌藻類の働きと利用,博友社,2000, pp. 127-158.
13) B. Reinhold-Hurek & T. Hurek: Trends Microbiol., 6, 139 (1998).
14) F. Meyer, D. Paarmann, M. D'Souza, R. Olson, E. M. Glass, M. Kubal, T. Paczian, A. Rodriguez, R. Stevens, A. Wilke et al.: BMC Bioinformatics, 9, 386 (2008).
15) R. A. Sanford, J. R. Cole & J. M. Tiedje: Appl. Environ. Microbiol., 68, 893 (2002).
16) S. H. Thomas, R. D. Wagner, A. K. Arakaki, J. Skolnick, J. R. Kirby, L. J. Shimkets, R. A. Sanford & F. E. Loffler: PLoS ONE, 3, e2103 (2008).
17) K. Kudo, N. Yamaguchi, T. Makino, T. Ohtsuka, K. Kimura, D. T. Dong & S. Amachi: Appl. Environ. Microbiol., 79, 4635 (2013).
18) O. Prakash, T. M. Gihring, D. D. Dalton, K. J. Chin, S. J. Green, D. M. Akob, G. Wanger & J. E. Kostka: Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 60, 546 (2010).
19) R. T. Anderson, H. A. Vrionis, I. Ortiz-Bernad, C. T. Resch, P. E. Long, R. Dayvault, K. Karp, S. Marutzky, D. R. Metzler, A. Peacock et al.: Appl. Environ. Microbiol., 69, 5884 (2003).
20) T. Hori, A. Muller, Y. Igarashi, R. Conrad & M. W. Friedrich: ISME J., 4, 267 (2010).
21) H. Itoh, S. Ishii, Y. Shiratori, K. Oshima, S. Otsuka, M. Hattori & K. Senoo: Microbes Environ., 28, 370 (2013).
22) L. Ding, J. Su, H. Xu, Z. Jia & Y. Zhu: ISME J., 9, 721 (2015).
23) Y. Kim & W. Liesack: PLOS ONE, 10, e0122221 (2015).
24) Z. Xu, Y. Masuda, H. Itoh, N. Ushijima, Y. Shiratori & K. Senoo: Front. Microbiol., (2019).
25) Masuda et al., submitted.
26) D. A. Bazylinski, A. J. Dean, D. Schuler, E. J. Phillips & D. R. Lovley: Environ. Microbiol., 2, 266 (2000).
27) M. V. Coppi, C. Leand, S. J. Sandler & D. R. Lovley: Appl. Environ. Microbiol., 67, 3180 (2001).
3) F. U. Hartl, A. Bracher & M. Hayer-Hartl: Nature, 475, 324 (2011).
4) B. Medicherla & A. L. Goldberg: J. Cell Biol., 182, 663 (2008).
5) D. Finley, E. Ozkaynak & A. Varshavsky: Cell, 48, 1035 (1987).
6) N. N. Fang, A. H. M. Ng, V. Measday & T. Mayor: Nat. Cell Biol., 13, 1344 (2011).
7) N. N. Fang, G. T. Chan, M. Zhu, S. A. Comyn, A. Persaud, R. J. Deshaies, D. Rotin, J. Gsponer & T. Mayor: Nat. Cell Biol., 16, 1227 (2014).
8) M. Akerfelt, R. I. Morimoto & L. Sistonen: Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 11, 545 (2010).
9) K. A. Morano, C. M. Grant & W. S. Moye-Rowley: Genetics, 190, 1157 (2011).
10) R. J. Collier, B. J. Renquist & Y. Xiao: J. Dairy Sci., 100, 10367 (2017).
11) Y. Sanchez & S. L. Lindquist: Science, 248, 1112 (1990).
12) S. Lindquist & G. Kim: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 5301 (1996).
13) D. Parsell: D, S. Lindquist, “Heat shock proteins and stress tolerance,” in The biology of heat shock proteins and molecular chaperones, R. I. Morimoto, A. Tissieres, and C. Georgopoulos, Eds. CSHL press, 1994, pp. 457-494.
14) W. J. Welch & J. P. Suhan: J. Cell Biol., 101, 1198 (1985).
15) K. Okabe, N. Inada, C. Gota, Y. Harada, T. Funatsu & S. Uchiyama: Nat. Commun., 3, 705 (2012).
16) A. Winkler, C. Arkind, C. P. Mattison, A. Burkholder, K. Knoche & I. Ota: Eukaryot. Cell, 1, 163 (2002).
17) D. E. Levin: Genetics, 189, 1145 (2011).
18) D. S. W. Protter and R. Parker, 26, 668 (2016).
5) C. Borsting, R. Hummel, E. R. Schultz, T. M. Rose, M. B. Pedersen, J. Knudsen & K. Kristiansen: Yeast, 13, 1409 (1997).
6) A. V. Martini & M. Martini: Antonie van Leeuwenhoek, 53, 77 (1987).
7) C. P. Kurtzman & J. W. Fell: The Yeasts: a taxonomic study. Fourth edition, Elsevier Science Publishers, 1998.
8) D. Libkind, C. T. Hittinger, E. Valerio, C. Goncalves, J. Dover, M. Johnston, P. Goncalves & J. P. Sampaio: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108, 14539 (2011).
9) B. R. Gibson, S. J. Lawrence, J. P. Leclaire, C. D. Powell & K. A. Smart: FEMS Microbiol. Rev., 31, 535 (2007).
10) G. Beltran, N. Rozes, A. Mas & J. M. Guillamon: World J. Microbiol. Biotechnol., 23, 809 (2007).
11) J. M. Sheltzer, H. M. Blank, S. J. Pfau, Y. Tange, B. M. George, T. J. Humpton, I. L. Brito, Y. Hiraoka, O. Niwa & A. Amon: Science, 333, 1026 (2011).
12) Y. Nakao, T. Kanamori, T. Itoh, Y. Kodama, S. Rainieri, N. Nakamura, T. Shimonaga, M. Hattori & T. Ashikari: DNA Res., 16, 115 (2009).
13) M. Oomuro, Y. Motoyama & T. Watanabe: J. Inst. Brew., 125, 47 (2019).
14) H. Moriya & M. Johnston: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 1572 (2004).
15) C. Snowdon & M. Johnston: Mol. Biol. Cell, 27, 3369 (2016).
16) A. Kotyk & A. Kleinzeller: Biochim. Biophys. Acta, 135, 106 (1967).
17) J. U. Becker & A. Betz: Biochim. Biophys. Acta, 274, 584 (1972).
18) H. J. Federoff, T. R. Eccleshall & J. Marmur: J. Bacteriol., 156, 301 (1983).
19) J. M. Gancedo: Microbiol. Mol. Biol. Rev., 62, 334 (1998).
20) D. Watanabe, Y. Araki, Y. Zhou, N. Maeya, T. Akao & H. Shimoi: Appl. Environ. Microbiol., 78, 4008 (2012).
21) D. Watanabe, S. Nogami, Y. Ohya, Y. Kanno, Y. Zhou, T. Akao & H. Shimoi: J. Biosci. Bioeng., 112, 577 (2011).
22) M. Oomuro, T. Kato, Y. Zhou, D. Watanabe, Y. Motoyama, H. Yamagishi, T. Akao & M. Aizawa: J. Biosci. Bioeng., 122, 577 (2016).
23) M. Oomuro, D. Watanabe, Y. Sugimoto, T. Kato, Y. Motoyama, T. Watanabe & H. Takagi: J. Biosci. Bioeng., 126, 736 (2018).
24) S. Shiozaki, S. Shimizu & H. Yamada: Agric. Biol. Chem., 48, 2293 (1984).
25) M. Kanai, T. Kawata, Y. Yoshida, Y. Kita, T. Ogawa, M. Mizunuma, D. Watanabe, H. Shimoi, A. Mizuno, O. Yamada et al.: J. Biosci. Bioeng., 123, 8 (2017).
26) S. Li, S. K. Swanson, M. Gogol, L. Florens, M. P. Washburn, J. L. Workman & T. Suganuma: Mol. Cell, 60, 408 (2015).
27) A. Iwashima, M. Ogata, K. Nosaka, H. Nishimura & T. Hasegawa: FEMS Microbiol. Lett., 127, 23 (1995).
28) M. Kanai, M. Masuda, Y. Takaoka, H. Ikeda, K. Masaki, T. Fujii & H. Iefuji: Appl. Microbiol. Biotechnol., 97, 1183 (2013).
29) K. Lecoq, I. Belloc, C. Desgranges & B. Daignan-Fornier: Yeast, 15, 335 (2001).
11) M. Tada, Y. Ono, M. Nakai, M. Harada, H. Shibata, Y. Kiso & T. Ogata: Anal. Sci., 29, 89 (2013).
12) N. Abe-Kanoh, Y. Kunimoto, D. Takemoto, Y. Ono, H. Shibata, K. Ohnishi & Y. Kawai: J. Agric. Food Chem., 67, 7640 (2019).
13) S. Takada, S. Kinugawa, S. Matsushima, D. Takemoto, T. Furihata, W. Mizushima, A. Fukushima, T. Yokota, Y. Ono, H. Shibata et al.: Exp. Physiol., 100, 1319 (2015).
14) D. Takemoto, Y. Yasutake, N. Tomimori, Y. Ono, H. Shibata & J. Hayashi: Glob. J. Health Sci., 7, 1 (2015).
15) N. Tomimori, T. Rogi & H. Shibata: Mol. Nutr. Food Res., 61, (2017).
16) M. Nakai, M. Harada, K. Nakahara, K. Akimoto, H. Shibata, W. Miki & Y. Kiso: J. Agric. Food Chem., 51, 1666 (2003).
17) Z. Liu, N. M. Saarinen & L. U. Thompson: J. Nutr., 136, 906 (2006).
18) R. Umeda-Sawada, M. Ogawa & O. Igarashi: Lipids, 34, 633 (1999).
1) N. Koike, S. H. Yoo, H. C. Huang, V. Kumar, C. Lee & J. S. Takahashi: Science, 338, 349 (2012).
2) C. L. Gustufson & C. L. Partch: Biochemistry, 54, 134 (2014).
3) T. Shimizu, D. Huang, F. Yan, M. Stranava, M. Bartosova, V. Fojtikova & M. Martinkova: Chem. Rev., 115, 6491 (2015).
4) K. Kaasik & C. C. Lee: Nature, 430, 467 (2004).
5) X. Zhao, H. Cho, R. T. Yu, A. R. Atkins, M. Downes & R. M. Evans: EMBO Rep., 15, 518 (2014).
6) M. F. Rubio, P. V. Agostino, G. A. Ferreyra & D. A. Golombek: Neurosci. Lett., 353, 9 (2003).
7) K. Igarashi & M. Watanabe-Matsui: Tohoku J. Exp. Med., 232, 229 (2014).
8) R. Klemz, S. Reischl, T. Wallach, N. Witte, K. Jurchott, S. Klemz, V. Lang, S. Lorenzen, M. Knauer, S. Heidenreich et al.: Nat. Struct. Mol. Biol., 24, 15 (2017).
9) S. Minegishi, I. Sagami, S. Negi, K. Kano & H. Kitagishi: Sci. Rep., 8, 11996 (2018).
10) M. Reick, J. A. Garcia, C. Dudley & S. L. McKnight: Science, 293, 506 (2001).
11) J. P. DeBruyne, D. R. Weaver & S. M. Reppert: Nat. Neurosci., 10, 543 (2007).
12) D. Landgraf, L. L. Wang, T. Diemer & D. K. Welsh: PLOS Genet., 12, e1005882 (2016).
13) C. A. Dudley, C. Erbel-Sieler, S. J. Estill, M. Reick, P. Franken, S. Pitts & S. L. McKnight: Science, 301, 379 (2003).
14) J. Rutter, M. Reick, L. C. Wu & S. L. McKnight: Science, 293, 510 (2001).
15) K. Yoshii, F. Tajima, S. Ishijima & I. Sagami: Biochemistry, 54, 250 (2015).
16) E. M. Dioum, J. Rutter, J. R. Tuckerman, G. Gonzalez, M. A. Gilles-Gonzalez & S. L. McKnight: Science, 298, 2385 (2002).
17) T. Uchida, T. Uchida, E. Sato, A. Sato, I. Sagami, T. Shimizu & T. Kitagawa: J. Biol. Chem., 280, 21358 (2005).
18) T. Uchida, I. Sagami, T. Shimizu, K. Ishimori & T. Kitagawa: J. Inorg. Biochem., 108, 188 (2012).
19) M. Ishida, T. Ueha & I. Sagami: Biochem. Biophys. Res. Commun., 368, 292 (2008).
20) G. S. Lukat-Rodgers, C. Correia, M. V. Botuyan, G. Mer & K. R. Rodgers: Rodgers: Inorg. Chem., 49, 6349 (2010).
21) S. L. Freeman, H. Kwon, N. Portolano, G. Parkin, G. U. Venkatraman, J. Basran, A. J. Fielding, L. Fairall, D. A. Svistunenko, P. C. E. Moody et al.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 116, 19911 (2019).
22) R. Itoh, K. Fujita, A. Mu, D. H. T. Kim, T. T. Tai, I. Sagami & S. Taketani: FEBS Lett., 587, 2131 (2013).
23) N. Huang, Y. Chelliah, Y. Shan, C. A. Taylor, S. H. Yoo, C. Partch, C. B. Green, H. Zhang & J. S. Takahashi: Science, 337, 189 (2012).
24) Z. Wang, Y. Wu, L. Li & X. D. Su: Cell Res., 23, 213 (2013).
25) K. Kitanishi, J. Igarashi, K. Hayasaka, N. Hikage, I. Saiful, S. Yamauchi, T. Uchida, K. Ishimori & T. Shimizu: Biochemistry, 47, 6157 (2008).
26) K. Hayasaka, K. Kitanishi, J. Igarashi & T. Shimizu: Biochim. Biophys. Acta, 1814, 326 (2011).
27) J. Yang, K. D. Kim, A. Lucas, K. E. Drahos, C. S. Santos, S. P. Mury, D. G. S. Capelluto & C. V. Finkielstein: Mol. Cell. Biol., 28, 4697 (2008).
28) M. V. Airola, J. Du, J. H. Dawson & B. R. Crane: Biochemistry, 49, 4327 (2010).
29) S. Raghuram, K. R. Stayrook, P. Huang, P. M. Rogers, A. K. Nosie, D. B. McClure, L. L. Burris, S. Khorasanizadeh, T. P. Burris & F. Rastinejad: Nat. Struct. Mol. Biol., 14, 1207 (2007).
30) E.-J. Woo, D. G. Jeong, M. Y. Lim, K. S. Jun, K. J. Kim, S. M. Yoon, B. C. Park & R. Eon: J. Mol. Biol., 373, 735 (2007).
31) K. I. Pardee, X. Xu, J. Reinking, A. Schuetz, A. Dong, S. Liu, R. Zhang, J. Tiefenbach, G. Lajoie, A. N. Plotnikov et al.: PLoS Biol., 7, e43 (2009).
32) E. Matta-Camacho, S. Banerjee, T. S. Hughes, L. A. Solt, Y. Wang, T. P. Burris & D. J. Kojetin: J. Biol. Chem., 289, 20054 (2014).
33) L. Yin, N. Wu, C. J. Curtin, M. Qatanani, N. R. Szwergold, R. A. Reid, G. M. Waitt, D. J. Parks, K. H. Pearce, G. B. Wisely et al.: Science, 318, 1786 (2007).
34) G. Asher & P. Sassone-Corsi: Cell, 161, 84 (2015).
35) S. Ray & A. Reddy: BioEssays, 38, 394 (2016).
36) S. Panda: Science, 354, 1008 (2016).
37) C. Benna, C. Helfrich-Forster, S. Rajendran, H. Monticelli, P. Pilati, D. Nitti & S. Mocellin: Oncotarget, 8, 23978 (2017).
筆者は博士研究員として米国Thomas Jefferson Universityにて3年半の研究生活を送った.揺らぎ塩基対を形成する細菌tRNA U34の転写後修飾によるタンパク質翻訳制御機構に関する研究を行った.
1) R. Takase, B. Mikami, S. Kawai, K. Murata & W. Hashimoto: J. Biol. Chem., 289, 33198 (2014).
2) A. Weixlbaumer, F. V. Murphy 4th, A. Dziergowska, A. Malkiewicz, F. A. P. Vendeix, P. F. Agris & V. Ramakrishnan: Nat. Struct. Mol. Biol., 14, 498 (2007).
3) Y. H. Chionh, M. McBee, I. R. Babu, F. Hia, W. Lin, W. Zhao, J. Cao, A. Dziergowska, A. Malkiewicz, T. J. Begley et al.: Nat. Commun., 7, 13302 (2016).
4) Y. Sakai, K. Miyauchi, S. Kimura & T. Suzuki: Nucleic Acids Res., 44, 509 (2015).
5) I. Masuda†, R. Takase†, R. Matsubara, M. J. Paulines, H. Gamper, P. A. Limbach & Y. M. Hou: Nucleic Acids Res., 46, e37 (2018). †These authors contributed equally to this work as first authors.
6) H. Gamper, I. Masuda, M. Frenkel-Morgenstern & Y. M. Hou: Nat. Commun., 6, 7226 (2015).
7) T. A. White & D. B. Kell: Comp. Funct. Genomics, 5, 304 (2004).
8) I. Masuda, R. Matsubara, T. Christian, E. R. Rojas, S. S. Yadavalli, L. Zhang, M. Goulian, L. J. Foster, K. C. Huang & Y. M. Hou: Cell Syst., 8, 302 (2019).