1) I. Iacovache, F. G. van der Goot & L. Pernot: Biochim. Biophys. Acta, 1778, 1611 (2008).
2) M. C. Peitsch & J. Tschopp: Curr. Opin. Cell Biol., 3, 710 (1991).
3) Y. Astier, O. Braha & H. Bayley: J. Am. Chem. Soc., 128, 1705 (2006).
4) A. Asandei, A. Apetrei & T. Luchian: J. Mol. Recognit., 24, 199 (2011).
5) L. Song, M. R. Hobaugh, C. Shustak, S. Cheley, H. Bayley & J. E. Gouaux: Science, 274, 1859 (1996).
6) R. Olson, H. Nariya, K. Yokota, Y. Kamio & E. Gouaux: Nat. Struct. Biol., 6, 134 (1999).
7) J. D. Pedelacq, L. Maveyraud, G. Prevost, L. Baba-Moussa, A. Gonzalez, E. Courcelle, W. Shepard, H. Monteil, J. P. Samama & L. Mourey: Structure, 7, 277 (1999).
8) V. Guillet, P. Roblin, S. Werner, M. Coraiola, G. Menestrina, H. Monteil, G. Prevost & L. Mourey: J. Biol. Chem., 279, 41028 (2004).
9) K. Yamashita, Y. Kawai, Y. Tanaka, N. Hirano, J. Kaneko, N. Tomita, M. Ohta, Y. Kamio, M. Yao & I. Tanaka: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108, 17314 (2011).
10) D. Yamashita, T. Sugawara, M. Takeshita, J. Kaneko, Y. Kamio, I. Tanaka, Y. Tanaka & M. Yao: Nat. Commun., 5, 4897 (2014).
11) Y. Tanaka, N. Hirano, J. Kaneko, Y. Kamio, M. Yao & I. Tanaka: Protein Sci., 20, 448 (2011).
1) E. Pichersky & J. Gershenzon: Curr. Opin. Plant Biol., 5, 237 (2002).
2) A. Rodríguz, B. Alquézar & L. Peña: New Phytol., 197, 36 (2013).
3) G. Arimura, K. Matsui & J. Takabayashi: Plant Cell Physiol., 50, 911 (2009).
4) K. Sugimoto, K. Matsui, Y. Iijima, Y. Akakabe, S. Muramoto, R. Ozawa, M. Uefune, R. Sasaki, K. Md. Alamgir, S. Akitake et al.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 111, 7144 (2014).
5) K. Sugimoto, K. Matsui & J. Takabayashi: Commun. Iwntegr. Biol., in press. doi: 10.4161/19420889.2014.992731.
6) T. Louveau, C. Leitao, S. Green, C. Hamiaux, B. van der Rest, O. Dechy-Cabaret, R. G. Atkinson & C. Chervin: FEBS J., 278, 390 (2011).
7) Y.-K. Yauk, C. Ged, M. Y. Wang, A. J. Matich, L. Tessarotto, J. M. Cooney, C. Chervin & R. G. Atkinson: Plant J., 80, 317 (2014).
1) P. Jorgensen & M. Tyers: Curr. Biol., 14, R1014 (2004).
2) M. Cook & M. Tyers: Curr. Opin. Biotechnol., 18, 341 (2007).
3) M. Laplante & D. M. Sabatini: Cell, 149, 274 (2012).
4) M. Shimobayashi & M. N. Hall: Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 15, 155 (2014).
5) D. C. Fingar, S. Salama, C. Tsou, E. Harlow & J. Blenis: Genes Dev., 16, 1472 (2002).
6) K. Yamamoto, V. Gandin, M. Sasaki, S. McCracken, W. Li, J. L. Silvester, A. J. Elia, F. Wang, Y. Wakutani, R. Alexandrova et al.: Mol. Cell, 53, 904 (2014).
7) D. Liu & Z. Songyang: Methods Enzymol., 446, 409 (2008).
8) K. Tumaneng, R. C. Russell & K.-L. Guan: Curr. Biol., 22, R368 (2012).
1) T. Kuzuyama, H. Hemmi & S. Takahashi: “Comprehensive Natural Products II Chemistry and Biology,” Vol. 1, ed. by L. Mander & H.-W. Liu, Elsevier, 2010, p. 493.
2) A. Smit & A. Mushegian: Genome Res., 10, 1468 (2000).
3) H. Nishimura, Y. Azami, M. Miyagawa, C. Hashimoto, T. Yoshimura & H. Hemmi: J. Biochem., 153, 415 (2013).
4) L. L. Grochowski, H. Xu & R. H. White: J. Bacteriol., 188, 3192 (2006).
5) N. Dellas, S. T. Thomas, G. Manning & J. P. Noel: eLife, 2, e00672 (2013).
6) J. C. Vannice, D. A. Skaff, A. Keightley, J. K. Addo, G. J. Wychoff & H. M. Miziorko: J. Bacteriol., 196, 1055 (2014).
7) Y. Azami, A. Hattori, H. Nishimura, H. Kawaide, T. Yoshimura & H. Hemmi: J. Biol. Chem., 289, 15957 (2014).
8) J. M. Vinokur, T. P. Korman, Z. Cao & J. U. Bowie: Biochemistry, 53, 4161 (2014).
1) K. Horikoshi: “Alkaliphiles,” Kodansha/Springer, 2006.
2) I. Yumoto, K. Hirota & K. Yoshimune: “Extremophiles Handbook,” ed. by K. Horikoshi, Springer, 2011, p. 55.
3) T. Thongaram, S. Kosono, M. Ohkuma, Y. Hongoh, M. Kitada, T. Yoshinaka, S. Trakulnaleamsai, N. Noparatnaraporn & T. Kudo: Microbes Environ., 18, 152 (2003).
4) E. Padan, E. Bibi, M. Ito & T. A. Krulwich: Biochim. Biophys. Acta, 1717, 67 (2005).
5) R. Aono, M. Ito & T. Machida: J. Bacteriol., 181, 6600 (1999).
6) R. Gilmore, P. Messner, A. A. Guffanti, R. Kent, A. Scheberl, N. Kendrick & T. A. Krulwich: J. Bacteriol., 182, 5969 (2000).
7) K. Hirota, K. Aino & I. Yumoto: Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 63, 5303 (2013).
8) P. Mitchell: Nature, 191, 144 (1961).
9) T. A. Krulwich: Mol. Microbiol., 15, 403 (1995).
10) A. Y. Mulkidjanian, J. Heberle & D. A. Cherepanov: Biochim. Biophys. Acta, 1757, 913 (2006).
11) M. Kitada, A. A. Guffanti & T. A. Kurlwich: J. Bacteriol., 152, 1096 (1982).
12) S. Sugiyama, H. Matsukura, N. Koyama, Y. Nosoh & Y. Imae: Biochim. Biophys. Acta, 852, 38 (1986).
13) A. A. Guffanti, O. Finkelthal, D. B. Hicks, L. Falk, A. Sidhu, A. Garro & T. A. Krulwich: J. Bacteriol., 167, 766 (1986).
14) A. Hoffmann & P. Dimroth: Eur. J. Biochem., 201, 467 (1991).
15) T. Hirabayashi, T. Goto, H. Morimoto, K. Yoshimune, H. Matsuyama & I. Yumoto: J. Bioenerg. Biomembr., 44, 265 (2012).
16) K. Yoshimune, H. Morimoto, Y. Hirano, J. Sakamoto, H. Matsuyama & I. Yumoto: J. Bioenerg. Biomembr., 42, 111 (2010).
17) A. Y. Mulkidjanian: Biochim. Biophys. Acta, 1757, 415 (2006).
18) J. L. C. M. van de Vossenberg, A. J. M. Driessen, W. Zilling & W. N. Koning: Extremophiles, 2, 67 (1998).
19) T. Goto, T. Matsuno, M. Hishinuma-Narisawa, K. Yamazaki, H. Matsuyama, N. Inoue & I. Yumoto: J. Biosci. Bioeng., 100, 365 (2005).
20) L. Banci & M. Assfalg: “Handbook of Metalloproteins,” ed. by K. Wieghart, R. Huber, T. Poulos & A. Messerschmidt, John Wiley & Sons, Ltd., 2001, p. 32.
21) T. Yamanaka: “The Biochemistry of Bacterial Cytochromes” ed. by T. Yamanaka, Tokyo/Springer-Verlag, 1992, p. 91.
22) C. W. Keevil & C. Anthony: Biochem. J., 182, 71 (1979).
23) C. W. Jones, J. M. Brice, A. J. Downs & J. W. Drozd: Eur. J. Biochem., 52, 265 (1975).
24) D. H. Murgida & P. Hildebrandt: J. Am. Chem. Soc., 123, 4062 (2001).
25) A. C. Messias, A. P. Aguiar, L. Brennan, C. A. Salgueiro, L. M. Saraiva, A. V. Xavier & D. L. Turner: Biochim. Biophys. Acta, 1757, 143 (2006).
26) L. Rivas, C. M. Soares, A. M. Baptista, J. Simaan, R. E. Di Palo, D. H. Murgida & P. Hildebrandt: Biophys. J., 88, 4188 (2005).
27) R. J. Lewis, S. Belkina & T. A. Krulwich: Biochem. Biophys. Res. Commun., 95, 857 (1980).
28) I. Yumoto, Y. Fukumori & T. Yamanaka: J. Biochem., 110, 267 (1991).
29) I. Yumoto, K. Nakajima & K. Ikeda: J. Ferment. Bioeng., 83, 466 (1997).
30) S. Ogami, S. Hijikata, T. Tsukahara, Y. Mie, T. Matsuno, N. Morita, I. Hara, K. Yamazaki, N. Inoue, A. Yokota et al.: Extremophiles, 13, 491 (2009).
31) T. I. Doukov, H. Hemmi, C. L. Drennan & S. W. Ragsdale: J. Biol. Chem., 282, 6609 (2007).
32) P. S. David, P. S. Dutt, B. Wathen, Z. Jia & B. C. Hill: Arch. Biochem. Biophys., 377, 22 (2000).
33) I. Yumoto, S. Takahashi, T. Kitagawa, Y. Fukumori & T. Yamanaka: J. Biochem., 114, 88 (1993).
1) V. Gomez-Roldan, S. Fermas, P. B. Brewer, V. Puech-Pagès, E. A. Dun, J. P. Pillot, F. Letisse, R. Matusova, S. Danoun, J. C. Portais et al.: Nature, 455, 189 (2008).
2) M. Umehara, A. Hanada, S. Yoshida, K. Akiyama, T. Arite, N. Takeda-Kamiya, H. Magome, Y. Kamiya, K. Shirasu, K. Yoneyama et al.: Nature, 455, 195 (2008).
3) A. Alder, M. Jamil, M. Marzorati, M. Bruno, M. Vermathen, P. Bigler, S. Ghisla, H. Bouwmeester, P. Beyer & S. Al-Babili: Science, 335, 1348 (2012).
4) Y. Seto, A. Sado, K. Asami, A. Hanada, M. Umehara, K. Akiyama & S. Yamaguchi: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 111, 1640 (2014).
5) Y. Zhang, A. D. van Dijk, A. Scaffidi, G. R. Flematti, M. Hofmann, T. Charnikhova, F. Verstappen, J. Hepworth, S. van der Krol, O. Leyser et al.: Nat. Chem. Biol., 10, 1028 (2014).
6) Y. Seto & S. Yamaguchi: Curr. Opin. Plant Biol., 21C, 1 (2014).
7) Y. Seto, H. Kameoka, S. Yamaguchi & J. Kyozuka: Plant Cell Physiol., 53, 1843 (2012).
8) T. Arite, M. Umehara, S. Ishikawa, A. Hanada, M. Maekawa, S. Yamaguchi & J. Kyozuka: Plant Cell Physiol., 50, 1416 (2009).
9) J. P. Stanga, S. M. Smith, W. R. Briggs & D. C. Nelson: Plant Physiol., 163, 318 (2013).
10) F. Zhou, Q. Lin, L. Zhu, Y. Ren, K. Zhou, N. Shabek, F. Wu, H. Mao, W. Dong, L. Gan et al.: Nature, 504, 406 (2013).
11) L. Jiang, X. Liu, G. Xiong, H. Liu, F. Chen, L. Wang, X. Meng, G. Liu, H. Yu, Y. Yuan et al.: Nature, 504, 401 (2013).
12) C. Hamiaux, R. S. Drummond, B. J. Janssen, S. E. Ledger, J. M. Cooney, R. D. Newcomb & K. C. Snowden: Curr. Biol., 22, 2032 (2012).
13) H. Nakamura, Y. L. Xue, T. Miyakawa, F. Hou, H. M. Qin, K. Fukui, X. Shi, E. Ito, S. Ito, S. H. Park et al.: Nat. Commun., 4, 2613 (2013).
14) M. Kagiyama, Y. Hirano, T. Mori, S. Y. Kim, J. Kyozuka, Y. Seto, S. Yamaguchi & T. Hakoshima: Genes Cells, 18, 147 (2013).
15) L. H. Zhao, X. E. Zhou, Z. S. Wu, W. Yi, Y. Xu, S. Li, T. H. Xu, Y. Liu, R. Z. Chen, A. Kovach et al.: Cell Res., 23, 436 (2013).
16) S. M. Smith & J. Li: Curr. Opin. Plant Biol., 21C, 23 (2014).
17) S. Toh, D. Holbrook-Smith, M. E. Stokes, Y. Tsuchiya & P. McCourt: Chem. Biol., 21, 988 (2014).
18) R. Bythell-Douglas, M. T. Waters, A. Scaffidi, G. R. Flematti, S. M. Smith & C. S. Bond: PLoS ONE, 8, e54758 (2013).
19) Y. Guo, Z. Zhen, J. J. La Clair, J. Chory & J. P. Noel: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 110, 8284 (2013).
20) A. de Saint Germain, Y. Ligerot, E. A. Dun, J. P. Pillot, J. J. Ross, C. A. Beveridge & C. Rameau: Plant Physiol., 163, 1012 (2013).
21) Q. F. Li, C. Wang, L. Jiang, S. Li, S. S. Sun & J. X. He: Sci. Signal., 5, ra72 (2012).
22) Y. Wang, S. Sun, W. Zhu, K. Jia, H. Yang & X. Wang: Dev. Cell, 27, 681 (2013).
23) K. Fukui, S. Ito & T. Asami: Mol. Plant, 6, 88 (2013).
24) H. Nakamura & T. Asami: Front. Plant Sci., 5, 623 (2014).
1) C. I. Marion, C. A. Reppleye, J. T. Engle & W. E. Goldman: Mol. Microbiol., 62, 970 (2006).
2) T. Fujikawa, Y. Kuga, S. Yano, A. Yoshimi, T. Tachiki, K. Abe & M. Nishimura: Mol. Microbiol., 73, 553 (2009).
3) T. Fukamizo: Curr. Protein Pept. Sci., 1, 105 (2000).
4) W. Suyotha, S. Yano, K. Takagi, N. Rattanakit-Chandet, T. Tachiki & M. Wakayama: Biosci. Biotechnol. Biochem., 77, 639 (2013).
5) B. Henrissat & A. Bairoch: Biochem. J., 316, 695 (1996).
6) C. C. Fuglsang, R. M. Berka, J. A. Wahleithner, S. Kauppinen, J. R. Shuster, G. Rasmussen, T. Halkier, H. Dalboge & B. Henrissat: J. Biol. Chem., 275, 2009 (2000).
7) H. Wei, M. Scherer, A. Singh, R. Liese & R. Fischer: Fungal Genet. Biol., 34, 217 (2001).
8) N. Dekker, D. Speijer, C. H. Grün, M. van den Berg, A. de Haan & F. Hochstenbach: Mol. Biol. Cell, 15, 3903 (2004).
9) W. Suyotha, S. Yano, T. Itoh, H. Fujimoto, T. Hibi, T. Tachiki & M. Wakayama: J. Biosci. Bioeng., 118, 378 (2014).
10) M. Pleszczyńska, A. Boguszewska, M. Tchórzewski, A. Wiater & J. Szczodrak: Protein Expr. Purif., 86, 68 (2012).
11) I. Shimotsuura, H. Kigawa, M. Ohdera, H. K. Kuramitsu & S. Nakashima: Appl. Environ. Microbiol., 74, 2759 (2008).
12) Y. Hakamada, N. Sumitomo, A. Ogawa, T. Kawano, K. Saeki, K. Ozaki, S. Ito & T. Kobayashi: Biochimie, 90, 525 (2008).
13) C. H. Grün, N. Dekker, A. A. Nieuwland, F. M. Klis, J. P. Kamerling, J. F. Vliegenthart & F. Hochstenbach: FEBS Lett., 580, 3780 (2006).
14) H. Kimoto, M. Akamatsu, Y. Fujii, H. Tatsumi, H. Kusaoke & A. Taketo: J. Mol. Microbiol. Biotechnol., 18, 14 (2010).
15) A. L. Van Bueren, C. Morland, H. J. Gilbert & A. B. Boraston: J. Biol. Chem., 280, 530 (2005).
16) T. Y. Hong, C. W. Cheng, J. W. Huang & M. Meng: Microbiology, 148, 1151 (2002).
17) A. C. Fernandes, C. M. G. A. Fontes, H. J. Gilbert, G. P. Hazlewood, T. H. Fernandes & L. M. A. Ferreira: Biochem. J., 342, 105 (1999).
18) C. M. Fontes, J. H. Clarke, G. P. Hazlewood, T. H. Fernandes, H. J. Gilbert & L. M. Ferreira: Appl. Microbiol. Biotechnol., 49, 552 (1998).
19) T. Fujikawa, A. Sakaguchi, Y. Nishizawa, Y. Kouzai, E. Minami, S. Yano, H. Koga, T. Meshi & M. Nishimura: PLoS Pathog., 8, e1002882 (2012).
20) M. Pleszczyńska, A. Wiater & J. Szczodrak: Biotechnol. Lett., 32, 1699 (2010).
1) T. Hashimoto: “The Plant Cytoskeleton,” ed. by B. Liu, Springer, 2011, pp. 245–257.
2) M. Bringmann, B. Landrein, C. Schudoma, O. Hamant, M.-T. Hauser & S. Persson: Trends Plant Sci., 17, 666 (2012).
3) A. R. Paredez, C. R. Somerville & D. W. Ehrhardt: Science, 312, 1491 (2006).
4) Y. Gu, N. Kaplinsky, M. Bringmann, A. Cobb, A. Carroll, A. Sampathkumar, T. I. Baskin, S. Persson & C. R. Somerville: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 107, 12866 (2010).
5) M. Bringmann, E. Li, A. Sampathkumar, T. Kocabek, M. T. Hauser & S. Persson: Plant Cell, 24, 163 (2012).
6) Y. Mei, H.-B. Gao, M. Yuan & H.-W. Xue: Plant Cell, 24, 1066 (2012).
7) S. Li, L. Lei, C. R. Somerville & Y. Gu: Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 109, 185 (2012).
8) L. Lei, S. Li, J. Du, L. Bashline & Y. Gu: Plant Cell, 25, 4912 (2013).
9) C. Craddock, I. Lavagi & Z. Yang: Trends Cell Biol., 22, 492 (2012).
10) Y. Fu, Y. Gu, Z. Zheng, G. Wasteneys & Z. Yang: Cell, 120, 687 (2005).
11) T. Xu, M. Wen, S. Nagawa, Y. Fu, J.-G. Chen, M.-J. Wu, C. Perrot-Rechenmann, J. Friml, A. M. Jones & Z. Yang: Cell, 143, 99 (2010).
12) T. Xu, N. Dai, J. Chen, S. Nagawa, M. Cao, H. Li, Z. Zhou, X. Chen, R. De Rycke, H. Rakusova et al.: Science, 343, 1025 (2014).
13) S. Nagawa, T. Xu, D. Lin, P. Dhonukshe, X. Zhang, J. Friml, B. Scheres, Y. Fu & Z. Yang: PLoS Biol., 10, e1001299 (2012).
14) J. J. Lindeboom, M. Nakamura, A. Hibbel, K. Shudyak, R. Gutierrez, T. Ketelaar, A. M. C. Emos, B. M. Mulder, V. Kirik & D. W. Ehrhardt: Science, 342, 1245533 (2013).
15) K. Naoi & T. Hashimoto: Plant Cell, 16, 1841 (2004).
16) J. Pytela, T. Kato & T. Hashimoto: Planta, 231, 1311 (2010).
17) S. Fujita, J. Pytela, T. Hotta, T. Kato, T. Hamada, R. Akamatsu, Y. Ishida, N. Kutsuna, S. Hasezawa, Y. Nomura et al.: Curr. Biol., 23, 1969 (2013).
18) Y. Ban, Y. Kobayashi, T. Hara, T. Hamada, T. Hashimoto, S. Takeda & T. Hattori: Plant Cell Physiol., 54, 848 (2013).
1) K. Shimbo, T. Oonuki, A. Yahashi, K. Hirayama & H. Miyano: Rapid Commun. Mass Spectrom., 23, 1483 (2009).
2) K. Shimbo, A. Yahashi, K. Hirayama, M. Nakazawa & H. Miyano: Anal. Chem., 81, 5172 (2009).
3) K. Shimbo, S. Kubo, Y. Harada, T. Oonuki, T. Yokokura, H. Yoshida, M. Amao, M. Nakamura, N. Kageyama, J. Yamazaki et al.: Biomed. Chromatogr., 24, 683 (2010).
4) Y. Miyagi, M. Higashiyama, A. Gochi, M. Akaike, T. Ishikawa, T. Miura, N. Saruki, E. Bando, H. Kimura, F. Imamura et al.: PLoS ONE, 6, e24143 (2011).
5) Y. Luo, J. Yoneda, H. Ohmori, T. Sasaki, K. Shimbo, S. Eto, Y. Kato, H. Miyano, T. Kobayashi, T. Sasahira et al.: Cancer Res., 74, 330 (2014).
6) M. Yamakado, T. Tanaka, K. Nagao, Y. Ishizaka, T. Mitushima, M. Tani, A. Toda, E. Toda, M. Okada, H. Miyano et al.: Clinical Obesity, 2, 29 (2012).